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[GROMACS] gromacs可以模拟实验中先加钙反应一段时间后再加磷酸根的这个过程吗

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楼主
本帖最后由 Willow0114 于 2024-5-18 15:51 编辑

我想用gromacs模拟我的实验。实验里是先向体系里加钙离子反应10分钟后在加入磷酸根离子,反应24小时。
Q:这个过程在gromacs中可以实现吗?具体是用什么方法或者指令实现。(蛋白质并不会和钙磷反应,钙磷只是在蛋白质上沉积)

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发表于 Post on 2024-5-18 15:08:33 | 只看该作者 Only view this author
gmx不支持反应
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-18 15:46:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Willow0114 于 2024-5-18 15:47 编辑

感谢您的回复,那观察钙和磷酸根在蛋白上的结合情况也不行吗?因为本身钙磷也不会和蛋白质发生反应,只是会在蛋白质上面沉积

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发表于 Post on 2024-5-18 18:50:44 | 只看该作者 Only view this author
Willow0114 发表于 2024-5-18 15:46
感谢您的回复,那观察钙和磷酸根在蛋白上的结合情况也不行吗?因为本身钙磷也不会和蛋白质发生反应,只是 ...

模拟结合是可以的
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发表于 Post on 2024-5-19 00:08:01 | 只看该作者 Only view this author
Willow0114 发表于 2024-5-18 15:46
感谢您的回复,那观察钙和磷酸根在蛋白上的结合情况也不行吗?因为本身钙磷也不会和蛋白质发生反应,只是 ...

只要不是共价结合就都可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-19 10:03:34 | 只看该作者 Only view this author
明白了,感谢。那回到标题的问题,那这个分步的过程在gromacs可以实现吗?

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发表于 Post on 2024-5-19 10:36:14 | 只看该作者 Only view this author
Willow0114 发表于 2024-5-19 10:03
明白了,感谢。那回到标题的问题,那这个分步的过程在gromacs可以实现吗?

可以分成两个独立的模拟来跑,用第一个输出的结果作为第二个的初始结构,然后加磷酸根。
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