计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: xxtnenu
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析求助] 不同方法基组计算简缩福井函数结果相差较大

[复制链接 Copy URL]

80

帖子

0

威望

939

eV
积分
1019

Level 4 (黑子)

16#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-24 12:33:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-24 04:48
以你做了构象搜索的结果为准

还请问sob老师,C1C2C3O4顺式的能量低于反式的能量这个是一个合理的结果吗?我可以通过分子内弱相互作用去解释吗?谢谢老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120169

管理员

公社社长

17#
发表于 Post on 2024-5-24 13:01:33 | 只看该作者 Only view this author
xxtnenu 发表于 2024-5-24 12:33
还请问sob老师,C1C2C3O4顺式的能量低于反式的能量这个是一个合理的结果吗?我可以通过分子内弱相互作用 ...

合理的级别下,实际算出来是什么样就什么样
可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

80

帖子

0

威望

939

eV
积分
1019

Level 4 (黑子)

18#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-25 00:56:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-24 13:01
合理的级别下,实际算出来是什么样就什么样
可以

请问sob老师,我有看了一些文献尽管他们都没有构象搜索和上传输出文件,都是如左图的反式结构,并且两种结构的能量相差不大,我能否用更高精度的方法和基组优化看一下?如m062x/def2tzvp

还有一个问题是文献中的 fukui function的值都是负的,该如何解释这个结果呢?原文作者还是通过比较大小说明亲电亲核的反应为点,如果都是负的也是合理的结果吗?

80

帖子

0

威望

939

eV
积分
1019

Level 4 (黑子)

19#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-25 00:56:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-24 13:01
合理的级别下,实际算出来是什么样就什么样
可以

收到,谢谢老师的回复,学生看一下弱相互作用的相关博文

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120169

管理员

公社社长

20#
发表于 Post on 2024-5-25 04:04:43 | 只看该作者 Only view this author
xxtnenu 发表于 2024-5-25 00:56
请问sob老师,我有看了一些文献尽管他们都没有构象搜索和上传输出文件,都是如左图的反式结构,并且两种 ...

可以

都是负的说明作者把符号搞反了,缺乏基本常识。福井函数全空间积分为1、所有原子的简缩福井函数加和为1。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

80

帖子

0

威望

939

eV
积分
1019

Level 4 (黑子)

21#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-25 04:42:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-25 04:04
可以

都是负的说明作者把符号搞反了,缺乏基本常识。福井函数全空间积分为1、所有原子的简缩福井函数 ...

收到,谢谢老师的回复,学生再尝试优化结构

80

帖子

0

威望

939

eV
积分
1019

Level 4 (黑子)

22#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-26 00:54:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-25 04:04
可以

都是负的说明作者把符号搞反了,缺乏基本常识。福井函数全空间积分为1、所有原子的简缩福井函数 ...

请问sob老师,学生用m062x/ma-def2tzvp优化两种结构后发现仍是顺式结构低于反式结构的能量。是否应该尝试更高精度方法基组进一步尝试?还是适当修改opt关键词或扫描势能面看一下呢?

202405260054118146..png (267.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 60)

202405260054118146..png

80

帖子

0

威望

939

eV
积分
1019

Level 4 (黑子)

23#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-26 04:57:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-24 13:01
合理的级别下,实际算出来是什么样就什么样
可以

请问sob老师,学生用m062x/ma-def2tzvp优化两种结构并进行了IGMH分析,相同的条件下得到的可视化结果发现顺式结构中的C1F3与O20存在弱相互作用,能否由此认为该弱相互作用降低这个构象的能量。还是说该结果并不能说明什么问题。或者此处利用玻尔兹曼分布看一下二者的比例?

202405260456125078..png (538.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 60)

202405260456125078..png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120169

管理员

公社社长

24#
发表于 Post on 2024-5-26 05:00:08 | 只看该作者 Only view this author
xxtnenu 发表于 2024-5-26 00:54
请问sob老师,学生用m062x/ma-def2tzvp优化两种结构后发现仍是顺式结构低于反式结构的能量。是否应该尝试 ...

当前级别够说明问题了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

80

帖子

0

威望

939

eV
积分
1019

Level 4 (黑子)

25#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-26 09:57:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-26 05:00
当前级别够说明问题了

收到,谢谢老师。

还想请问下sob老师,学生23楼的描述正确嘛?谢谢老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120169

管理员

公社社长

26#
发表于 Post on 2024-5-27 05:21:22 | 只看该作者 Only view this author
xxtnenu 发表于 2024-5-26 09:57
收到,谢谢老师。

还想请问下sob老师,学生23楼的描述正确嘛?谢谢老师

能说明一定问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

80

帖子

0

威望

939

eV
积分
1019

Level 4 (黑子)

27#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-27 05:26:00 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师回复,培训期间仍在耐心解答,老师辛苦了

80

帖子

0

威望

939

eV
积分
1019

Level 4 (黑子)

28#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-29 01:04:16 | 只看该作者 Only view this author

请问sob老师,学生使用b3lyp/6-311G(d,p) em=gd3bj进行结构优化,m062x/ma-tzvp计算单点能。使用Shermo程序计算其在60摄氏度下的键解离焓。计算后发现醚键的解离竟高达200多kcal/mol,不知哪个环节出现了问题。是否将结构优化也使用m062x/ma-tzvp?


202405290104056314..png (14.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 59)

202405290104056314..png

BDE.zip

696.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120169

管理员

公社社长

29#
发表于 Post on 2024-5-29 06:20:06 | 只看该作者 Only view this author
xxtnenu 发表于 2024-5-29 01:04
请问sob老师,学生使用b3lyp/6-311G(d,p) em=gd3bj进行结构优化,m062x/ma-tzvp计算单点能。使用Shermo程 ...

当前问题已经脱离了本帖主题,单独发帖问吧,到时候别人看到后也能回答你。我现在太忙
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

80

帖子

0

威望

939

eV
积分
1019

Level 4 (黑子)

30#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-29 09:36:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-29 06:20
当前问题已经脱离了本帖主题,单独发帖问吧,到时候别人看到后也能回答你。我现在太忙

好的,老师。谢谢老师的提醒

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 23:33 , Processed in 0.231551 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list