请问NPT系综得到的密度与NIST对应不上是何问题？

longhahaha · 发表于 Post on 2024-5-19 22:25:26

因为想研究受限孔内密度变化，所以先想验证一下Gromacs在不受限情况下的密度是否准确，然后设计了简单体系，盒子大小为10 nm*2.13 nm*4 nm，pack了300个分子进去，采用了OPLS力场，用NPT系综设置温度为353K，模拟时间20ns，取样13-15ns帧数进行密度平均，随后观察不同压力下的密度变化。结果发现计算出的密度与NIST相差太大，甚至都没相变点产生，请问这是怎么回事，有什么能够解决的办法嘛？

CHECHE · 发表于 Post on 2025-1-9 22:07:59

你好请问解决这个问题了吗我也遇到过类似的问题没有解决

longhahaha · 发表于 Post on 2025-4-14 15:52:10

CHECHE 发表于 2025-1-9 22:07
你好请问解决这个问题了吗我也遇到过类似的问题没有解决

没有,gromace动力学模拟做这种静态参数不太行，换软件了

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[GROMACS] 请问NPT系综得到的密度与NIST对应不上是何问题？