在转pdb文件时提示出现映射错误，需要改命名，我应该如何修改呢？

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-5-19 22:41:41

本帖最后由 Willow0114 于 2024-5-19 22:46 编辑

在转pdb文件时提示出现错误，说”与拓扑数据库中的一个条目进行了映射，但该条目中使用的原子 N，但在输入文件中却找不到。也许您的原子和/或残基命名需要修改“。我找了对应的文件，发现HG、HB、HD最多到2，但是我的pdb文件中是只有2和3，这应该如何修改呢？可以认为将2、3改为1、2吗？

另外，我找了其他的一些氨基酸名称，也存在不对应的情况，但是没有报错是为什么呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-20 02:42:35

pdb文件里带氢的情况，用pdb2gmx时通常都应当带上-ignh

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-5-20 08:19:21

您好，我尝试了加-ignh ,但还是出现了报错，我尝试一个个更改残基的质子化状态，发现只有运行-gln的时候会报错。是由于GLN的状态导致的吗？
另外，根据这个报错，我应该从pdb文件中找MET和QLN吗？我应该修改哪个地方呢？

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[GROMACS] 在转pdb文件时提示出现映射错误，需要改命名，我应该如何修改呢？

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