gromacs 有关PCA 自由能景观图分析中如何寻找能量最低时构象

username · 发表于 Post on 2024-5-19 23:26:49

请问各位老师，在gromacs 中使用PCA 做自由能景观图分析时，如何寻找复合物在能量最低点时的构象？就是我该如何找到复合物在能量最低时的帧数或者时间？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-20 02:43:16

各帧能量是已知的，做个排序便知

username · 发表于 Post on 2024-5-20 09:59:42

sobereva 发表于 2024-5-20 02:43
各帧能量是已知的，做个排序便知

老师你好，是不是从gibbs.log文件中查找能量最低时的索引，再从bindex.ndx中寻找索引对应帧数

username · 发表于 Post on 2024-5-21 00:25:27

sobereva 发表于 2024-5-20 02:43
各帧能量是已知的，做个排序便知

老师，您好！如果用您教程里的ddtpd分析，result2.txt里找到-LnP值为0的坐标，然后再到前面pc1 和pc2 对应的时间可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-21 00:59:36

username 发表于 2024-5-21 00:25
老师，您好！如果用您教程里的ddtpd分析，result2.txt里找到-LnP值为0的坐标，然后再到前面pc1 和pc2 对 ...

可以

username · 发表于 Post on 2024-5-21 08:01:50

sobereva 发表于 2024-5-21 00:59
可以

谢谢，sobereva老师！

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2024-6-12 23:35:50

username 发表于 2024-5-20 09:59
老师你好，是不是从gibbs.log文件中查找能量最低时的索引，再从bindex.ndx中寻找索引对应帧数

请问，这个方法可以吗

username · 发表于 Post on 2024-10-8 08:53:08

5撇到3撇发表于 2024-6-12 23:35
请问，这个方法可以吗

可以可以

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