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[GROMACS] gromacs能不能实现类似于Gaussian程序中固定键长优化的作用?

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请教一下,我有一个多金属氧酸盐体系,该体系分为壳层和内层,其中壳层是由V-O-V组成的球形结构,而内层为碳酸根。该分子带有7个负电荷和7个Li离子,我利用Gromacs程序对该类分子在进行了动力学模拟,但模拟结果显示内层的碳酸根跑到了外面。这种结果很明显是不合理的,所以我想请教一下,gromacs能不能实现类似于Gaussian程序中固定键长优化的作用?如果没有,有没有其他办法解决这个问题?

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发表于 Post on 2024-5-21 00:14:12 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里手写【求助】这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2024-5-21 00:15:25 | 只看该作者 Only view this author
明显是拓扑文件不合理所致的
用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件,并且要求用自动猜的谐振势,结构自然就能维持住刚性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 09:14:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-21 00:14
不要自己在标题里手写【求助】这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

好的sob老师,我下次注意

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 09:19:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-21 00:15
明显是拓扑文件不合理所致的
用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件,并且要求用自动 ...

感谢老师您百忙之中的回复,我有尝试过用sobtop程序生成对应的拓扑文件,结果碳酸根还是跑出来了。我本来以为是因为没有给fchk、chg文件导致电荷、键长信息不对导致的错误,后来发现提供了这些信息也不行,所以我想问一下gromacs有没有固定键长优化这种操作?

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发表于 Post on 2024-5-22 06:00:18 | 只看该作者 Only view this author
zhangshu 发表于 2024-5-21 09:19
感谢老师您百忙之中的回复,我有尝试过用sobtop程序生成对应的拓扑文件,结果碳酸根还是跑出来了。我本来 ...

当前的笼子那么小,倘若拓扑文件合理的话,碳酸根绝对不可能跑出来
注意确保给sobtop用的mol2文件里成键关系的合理性,图上可明显看到当前结构里一些该有的V-O键都没有。另外,记得产生拓扑文件时对阴离子产生,不要带着Li离子。Li单独用ions.itp描述

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-22 20:15:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-22 06:00
当前的笼子那么小,倘若拓扑文件合理的话,碳酸根绝对不可能跑出来
注意确保给sobtop用的mol2文件里成键 ...

再次感谢老师您的回复,确实是因为mol2文件里成键关系导致的。我通过gaussview手动设置成键后,再模拟就不会出现跑出来的现象了。感谢老师您的帮助!

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