受体蛋白-配体小分子分子动力学模拟基本流程--根据第14届培训内容整理

lijilo

wangxiaohai 发表于 2025-8-13 17:12
我是蛋白和2个配体，构建的topol文件一直有这样的报错，该怎么修改啊，我直接用的sobtop生成的小分子拓扑文 ...

查看一下你的引用顺序，是否有错误，另外就是你的top文件末尾是否确认添加了你的两个小分子配体的resname

lijilo

wangxiaohai 发表于 2025-8-13 17:14
用作者的这个命令“3.产生蛋白质连带一个离子的拓扑文件
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p t ...

并不是每一个体系之中都含有离子，就如同楼上sob老师所说，需要根据你的具体情况进行输入，我给你粘贴的就是我的蛋白质-配体分子之间的引用顺序，重点是每次对top文件有修改后都手动进去看一下末尾，引入的蛋白质、小分子、离子、溶液分子是否正确换行，其他的基本上不会出现太多问题。

wangxiaohai

lijilo 发表于 2025-8-15 21:49
查看一下你的引用顺序，是否有错误，另外就是你的top文件末尾是否确认添加了你的两个小分子配体的resname ...

谢谢老师

花颂渊

wangxiaohai 发表于 2025-8-13 17:14
用作者的这个命令“3.产生蛋白质连带一个离子的拓扑文件
gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p t ...

请问后续是怎么解决的？

lijilo

花颂渊 发表于 2025-9-15 12:18
请问后续是怎么解决的？

您可以仔细看一下生成的gro文件末尾是否出现了小分子和蛋白质连成一行的问题，另外就是仔细复习一下top文件的顺序，不要前后引入的内容出现颠倒。

hutaonilu

想问一下，我模拟完后我的蛋白质里含有的结构性钙离子会跑出蛋白质，要进行额外的限制处理吗？

lijilo

hutaonilu 发表于 2025-11-20 16:05
想问一下，我模拟完后我的蛋白质里含有的结构性钙离子会跑出蛋白质，要进行额外的限制处理吗？

你跑了多少ns？如果时间比较长，那么真的是脱离了，按照流程来说已经给小分子MOL加过了限制势，按理说不会轻易脱离活性口袋，如果真的跑出了活性口袋，那么很有可能是真的结合作用模式不稳定

hutaonilu

lijilo 发表于 2025-11-22 18:23
你跑了多少ns？如果时间比较长，那么真的是脱离了，按照流程来说已经给小分子MOL加过了限制势，按理说不 ...

我跑了200ns，不过我不是小分子跑出来，而是蛋白质自己的两个结构性离子会跑出来，使用gmx trjconv结合-pbc mol后两个离子RMSD波动仍然很大，并且用pymol后查看发现两个离子确实跑了出来。我这个帖子写得更详细一点，麻烦老师指导一下。
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=75963