恒电荷法做分子动力学模拟的mdp文件的设置

Dreamer1

老师好，我现在用gromacs做两个石墨烯炭层以及中间带有溶剂分子和离子液体离子的分子动力学模拟（去模拟电解液在双电层电容器的工作情况），按照文献的方法我分别给两个石墨烯炭层上的C原子附上了均匀的电荷以表示不同的电势，然后想对整个体系进行分子动力学模拟，去分析靠近两电极表面的离子分子的分布情况（下面附上建模的图片）。参考了老师gromacs培训班资料里面“无限延展的石墨烯+水分子”的mdp参数文件，我对我这个体系的分子动力学模拟的mdp文件参数的设置有一些问题：（1）我看培训资料里只有em.mdp和md.mdp这两个文件，那么在我上述的体系中，是不是也只需要能量最小化和分子动力学两个过程，能量最小化后不需要一个预平衡过程吗？（2）在能量最小化、预平衡以及正式MD的过程中，是否需要固定两个石墨烯炭层不动，因为我担心石墨烯炭层会发生扭曲变形之类的情况，我看培训资料里也给出了固定和不固定的两种情况，但是我这里还是不太会判断，（3）如果有预平衡的过程，那么预平衡和正式的MD两个过程，分别该采用什么系统？（NVT还是NPT）。因为之前跑不带电极的体相的电解液的MD时，预平衡和最后的MD都是用的NPT系综，现在带上电极，我就不太确定该怎么设置了。

sobereva

自行判断什么时候达到平衡了，后面的本质上就都是平衡相

用限制势固定

如果你希望石墨烯之间的区域充满液体且符合理想密度，应当控压以允许自发调节板之间的距离至合理

Dreamer1

sobereva 发表于 2024-5-30 17:00
自行判断什么时候达到平衡了，后面的本质上就都是平衡相

用限制势固定

好的，明白了，谢谢老师的指点！