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[综合交流] 利用zeo++合成MOF的时候遇到了一些问题

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楼主
各位老师好,当我利用zeo++合成MOF的时候遇到了一些问题,其过程如下:
我采用Zn4O和linker按照pcu-2d的形式去合成MOF的时候,出现了警告,警告内容:NOTICE: the net file comprises disconnected nets - the connection-based assembly method can not be performed:
意味着文件中描述的分子网络是断开的,即网络中的某些部分并不直接相连。
至于为什么使pcu-2d文件,因为我尝试了pcu.cgd以及pcu-3d.cgd文件都是合成不了的;
针对这种情况,我应该如何修改这个文件内容能使其连接起来呢?
修改这个文件的内容是否需要参考linker.xyz文件呢?
pcu-2d文件内容如下:

crystal
name C2 N0.5 O0.0417 Co0.1667
cell 16.6103 16.6103 16.6103 90.000 90.000 90.000
group I-43m
atom 1 6 0.00000 0.00000 0.00000
edge 1 -1.00000 0.00000 0.00000
edge 1 0.00000 1.00000 0.00000
edge 1 1.00000 0.00000 0.00000
edge 1 0.00000 -1.00000 0.00000
edge 1 0.00000 0.00000 1.00000
edge 1 0.00000 0.00000 -1.00000
end
谢谢各位老师的指导!

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发表于 Post on 2025-5-7 15:26:32 | 只看该作者 Only view this author
请问您的问题解决了吗?我有建模的问题想请教一下。我构建cof模型时没有构建成功,出现了这样的提示,“symmetry group = P6
net file parsed correctly
ERROR: 3 edges were expected but after examining edges by symmetry AND orphan edges, 1 were identified - can not complete the net
NOTICE: calling abort()
Aborted”
看提示拓扑文件是对的,连接单元不对。请问您有遇到过这个问题吗

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