IGMH分析出现异常键连

shiguang123 · 发表于 Post on 2024-5-30 16:52:30

本帖最后由 shiguang123 于 2024-5-31 09:16 编辑

IGMH分析时，分子间出现了不该出现的键。fchk文件是通过Gaussian单点能计算得到。fchk文件导出的pdb文件（用文件1表示）放在VMD中显示是正常的，形成不正常键连的两个原子在文件1和Multiwfn生成的cub文件中原子间的距离也相等。我知道可以通过在VMD中取消键连的方式不显示该不正常键连，但我想知道一下出现该现象的原因。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-30 17:05:53

上传pdb文件，说清楚pdb文件是怎么产生的

shiguang123 · 发表于 Post on 2024-5-31 09:19:12

sobereva 发表于 2024-5-30 17:05
上传pdb文件，说清楚pdb文件是怎么产生的

好的老师，我已经上传了PDB文件。1.pdb是用GaussianView6.0从波函数fchk中导出，atmdg.pdb由Multiwfn导出

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-31 10:05:28

1.pdb的这些明显不满足pdb格式规范：

HETATM 84 OW SOL X 595C -4.320 0.582 -0.959 O
HETATM 85 HW1 SOL X 595C -4.660 0.010 -1.704 H
HETATM 86 HW2 SOL X 595C -3.471 0.197 -0.603 H
TER 87 SOL X 595
HETATM 88 SOL -5242 -2.198 -0.908 4.423 O
HETATM 89 SOL -5242 -2.556 -1.776 4.096 H
HETATM 90 SOL -5242 -2.568 -0.709 5.328 H
HETATM 91 SOL -5242 0.614 0.491 5.423 O
HETATM 92 SOL -5242 0.212 -0.033 4.685 H
HETATM 93 SOL -5242 0.856 1.406 5.109 H

复制代码

shiguang123 · 发表于 Post on 2024-6-1 16:04:01

sobereva 发表于 2024-5-31 10:05
1.pdb的这些明显不满足pdb格式规范：

好的，谢谢老师，我修改一下pdb的文件格式再试一下。

shiguang123 · 发表于 Post on 2024-6-1 22:36:57

sobereva 发表于 2024-5-31 10:05
1.pdb的这些明显不满足pdb格式规范：

老师，我换成正确格式的pdb后，生成的cub文件中分子的键连关系依然是错误的是什么原因呢?

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-2 09:25:38

shiguang123 发表于 2024-6-1 22:36
老师，我换成正确格式的pdb后，生成的cub文件中分子的键连关系依然是错误的是什么原因呢?

VMD判断成键关系只看原子间距离、元素
只要元素信息被VMD正确识别了，判断出不该有的键就是原子间距离太近

shiguang123 · 发表于 Post on 2024-6-2 20:24:28

sobereva 发表于 2024-6-2 09:25
VMD判断成键关系只看原子间距离、元素
只要元素信息被VMD正确识别了，判断出不该有的键就是原子间距离太 ...

老师，我可能没表达清楚我的疑惑，我的疑惑是为什么一开始在VMD里键连关系正常的pdb文件，做完IGMH后键连关系就不正常了

牧生 · 发表于 Post on 2024-6-2 20:43:06

本帖最后由牧生于 2024-6-2 21:03 编辑

shiguang123 发表于 2024-6-2 20:24
老师，我可能没表达清楚我的疑惑，我的疑惑是为什么一开始在VMD里键连关系正常的pdb文件，做完IGMH后键连 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-29931-1-1.html

http://bbs.keinsci.com/thread-46033-1-1.html

遇到过几次这样的问题，但是不用care

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[波函数分析求助] IGMH分析出现异常键连