packmol填充完后怎么生成拓朴文件和gro文件呢？

samuel · 发表于 Post on 2024-5-30 20:18:04

想问问packmol填充完后怎么生成拓朴文件和gro文件呢？

牧生 · 发表于 Post on 2024-5-30 20:34:10

详见 http://sobereva.com/soft/Sobtop/

特别要阅读FAQ 4：

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-31 08:59:58

平湖片帆 · 发表于 Post on 2024-5-31 14:17:46

GRO文件很容易生成吧，gmx editconf .......
拓朴文件的话，你需要预先生成体系中单个分子的拓朴文件（一般以itp结尾），然后在topol.top里面引用这些文件，并且注明他们的重复次数

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[GROMACS] packmol填充完后怎么生成拓朴文件和gro文件呢？