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[Molpro] molpro中SAPT能量分解求助

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发表于 Post on 2016-12-5 11:10:15 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
初次做能量分解,用DFT-SAPT方法。体系是由两个同种金属有机配合物及其反荷离子组成的二聚体。输入文件是照着molpro手册中SAPT能量分解给出的例子写的,例子见http://www.molpro.net/info/current/examples/near_sapt_acdft.com
因为例子中是两个惰性气体间的能量分解,每一个单体的原子就只有一个,而我的体系中每一个单体就有56个原子,所以我参照例子写的输入文件如下
gthresh,energy=1.d-8,orbital=1.d-8,grid=1.d-8
symmetry,nosym
orient,noorient
geometry={

28,Pt                 0.07863700    0.44148700   -1.57899800
29,C                  1.54895400    1.62862800   -1.37370800
30,N                  2.40894600    2.41398200   -1.24533900
31,N                 -1.45142600   -0.80653600   -1.87320100
32,N                 -1.57370600    1.77195400   -1.47222200
33,C                  3.46777700    3.26477400   -1.00224100
34,C                  3.18847400    4.58211700   -0.59707800
35,C                  4.76859400    2.74908000   -1.13110700
36,C                  4.27605000    5.38533600   -0.26057800
37,C                  5.82143400    3.59251400   -0.77016200
38,C                  5.57890900    4.89125500   -0.33277800
39,H                  4.09658200    6.41299200    0.06154600
40,H                  6.84026500    3.20663400   -0.83506200
41,H                  6.41647000    5.53391900   -0.05529800
42,C                  5.00159400    1.35682200   -1.60667900
43,H                  4.74421700    0.62402000   -0.82806000
44,H                  4.39409600    1.13148600   -2.49567000
45,H                  6.05640700    1.17896400   -1.83551000
46,C                  1.77938200    5.08412700   -0.53339800
47,H                  1.32140900    5.10025700   -1.53596400
48,H                  1.14906700    4.44177700    0.10202200
49,H                  1.74421800    6.10484400   -0.13133800
50,P                 -7.24025400    1.29594500   -0.00374700
51,F                 -6.80621500    2.39245800   -1.16923900
52,F                 -7.92020800    2.47510800    0.88155600
53,F                 -5.77374200    1.57341500    0.74861200
54,F                 -6.47263800    0.09836200   -0.90477800
55,F                 -7.60491500    0.17247300    1.13585200
56,F                 -8.62668700    0.99040500   -0.79139000

84,Pt                -0.07870200   -0.44153500    1.57881100
85,C                 -1.54901400   -1.62870800    1.37344100
86,N                 -2.40895700   -2.41409900    1.24499100
87,N                  1.45136400    0.80651100    1.87299500
88,N                  1.57372100   -1.77194700    1.47204600
89,C                 -3.46768400   -3.26499100    1.00191700
90,C                 -3.18827000   -4.58230700    0.59676200
91,C                 -4.76854800   -2.74941800    1.13079600
92,C                 -4.27577300   -5.38563200    0.26029200
93,C                 -5.82131900   -3.59295900    0.76988800
94,C                 -5.57868200   -4.89168500    0.33250800
95,H                 -4.09621800   -6.41326800   -0.06184500
96,H                 -6.84019200   -3.20718200    0.83482000
97,H                 -6.41618400   -5.53443200    0.05503400
98,C                 -5.00168200   -1.35716600    1.60632600
99,H                 -4.39438900   -1.13183000    2.49545800
100,H                 -4.74414300   -0.62435000    0.82778200
101,H                 -6.05654000   -1.17933500    1.83493800
102,C                 -1.77915100   -5.08422000    0.53306400
103,H                 -1.14878800   -4.44159800   -0.10202900
104,H                 -1.32129700   -5.10072200    1.53567700
105,H                 -1.74388100   -6.10477500    0.13060300
106,P                  7.24034400   -1.29556800    0.00422400
107,F                  7.60484200   -0.17181500   -1.13516200
108,F                  5.77393500   -1.57319800   -0.74822400
109,F                  6.47248700   -0.09822600    0.90539200
110,F                  6.80640400   -2.39229200    1.16954600
111,F                  7.92056000   -2.47446400   -0.88122100
112,F                  8.62668500   -0.98990300    0.79197600
}

basis={
spd,pt,def2-tzvp,c;
spd,p,vdz,c;
spd,f,vdz,c;
spd,c,vdz,c;
spd,n,vdz,c;
sp,h,vdz,c;
}

!=========delta(HF) contribution for higher order interaction terms====
!sapt files
ca=2101.2
cb=2102.2

!dimer
hf
edm=energy

!monomer A
dummy,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108,109,110,111,112
{hf; save,$ca}
ema=energy
{sapt;monomerA}

!monomer Bdummy,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56
{hf; start,atdens; save,$cb}
emb=energy
{sapt;monomerB}

!interaction contributions
{sapt,SAPT_LEVEL=3;intermol,ca=$ca,cb=$cb,icpks=1}

!HF supermolecular interaction energy and delta(HF) contribution
eint_hf=(edm-ema-emb)*1000 mH
delta_hf=eint_hf-e1pol-e1ex-e2ind-e2exind


!=========DFT-SAPT at second order intermol. perturbation theory====
!sapt files
ca=2103.2
cb=2104.2

!shifts for asymptotic correction to xc potentialeps_homo_pbe0_57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108,109,110,111,112=-9.16      !HOMO(Ar)/PBE0 functionaleps_homo_pbe0_1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56=-9.16      !HOMO(Ne)/PBE0ip_57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108,109,110,111,112=-9.16=10.34                    !exp. ionisation potentialip_1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56=10.34                    !exp. ionisation potentialshift_57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108,109,110,111,112=ip_57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108,109,110,111,112+eps_homo_pbe0_57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108,109,110,111,112 !shift for bulk xc potential (Ar)shift_1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56=ip_1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56+eps_homo_pbe0_1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56 !shift for bulk xc potential (Ne)


!monomer Adummy,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108,109,110,111,112{ks,pbe0; asymp,shift_1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56; save,$ca}
{sapt;monomerA}

!monomer Bdummy,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,56{ks,pbe0; start,atdens; asymp,shift_57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67,68,69,70,71,72,73,74,75,76,77,78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90,91,92,93,94,95,96,97,98,99,100,101,102,103,104,105,106,107,108,109,110,111,112; save,$cb}{sapt;monomerB}
!interaction contributions
{sapt;intermol,ca=$ca,cb=$cb,icpks=0}
!add high-order approximation to obtain the total interaction energy
eint_dftsapt=e12tot+delta_hf

几何坐标部分在这里我没有写全,请大神帮我看看怎样写才是正确!!!万分感谢!


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发表于 Post on 2016-12-6 00:40:06 | 显示全部楼层 Show all
这么大体系想做DFT-SAPT基本没戏,算不动
建议你用GAMESS-US做LMOEDA能量分解,这种规模还算能算得动
Gaussian+Multiwfn也可以做简单的能量分解,看multiwfn手册4.100.8节的例子。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-6 10:27:01 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2016-12-6 00:40
这么大体系想做DFT-SAPT基本没戏,算不动
建议你用GAMESS-US做LMOEDA能量分解,这种规模还算能算得动
Gau ...

谢谢sob老师,已经在研究用Gaussian+Multiwfn能量分解了。既然molpro中DFT-SAPT对于该体系没戏,那我就放弃这种方法。

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发表于 Post on 2017-6-21 20:36:26 | 显示全部楼层 Show all
请问,这里面的交换相关渐进式的矫正是必须的吗?没有实验值的话,可以用计算值吗

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发表于 Post on 2017-6-22 01:57:19 | 显示全部楼层 Show all
daogege 发表于 2017-6-21 20:36
请问,这里面的交换相关渐进式的矫正是必须的吗?没有实验值的话,可以用计算值吗

是。
可以用高精度计算值,比如CCSD(T)/cc-pVQZ
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-1-14 20:39:25 | 显示全部楼层 Show all
请问这里的HF能换成PBE么

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Level 3 能力者

发表于 Post on 2022-1-15 21:34:29 | 显示全部楼层 Show all
才雪 发表于 2022-1-14 20:39
请问这里的HF能换成PBE么

不可以

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