请问rcoulcombr和vdw是不是越大越好

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2024-6-4 19:53:01

想请问一下请问rcoulcombr和vdw是不是越大越好？

比如我要模拟的水盒子是4*4*8的，那最短边长的一半就是2，是不是在模拟的时候将rcoulcomb和rvdw设置成1.8或者1.9就比1.0得到的结果更加精准呢？

对于KBFF2.0文件包中给的sample.mdp文件，是不是rcoulcombr和vdw可以根据自己体系的实际大小增大呢？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-6-4 22:46:52

原则上应该和力场开发时作者使用的保持一致，因为力场的各个参数是在特定的截断值下优化的，强行增大结果反而可能更糟

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2024-6-4 22:54:53

Seyilaxa 发表于 2024-6-4 22:46
原则上应该和力场开发时作者使用的保持一致，因为力场的各个参数是在特定的截断值下优化的，强行增大结果反 ...

是的，我就是想问会不会有这个问题。好的好的谢谢您

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-5 02:50:21

用PME的情况，rcoulomb只影响耗时不影响结果，恰到好处时耗时才最低
范德华作用通常cutoff方式计算，在1.4nm的时候可认为精确衰减为0，再增大纯粹白费时间。一般建议rvdw和力场原文一致，对多数力场比1.4nm更小，不仅原理上更理想（力场优化出的参数和rvdw有相关性），还更省时间。

FMGwenyanhoon · 发表于 Post on 2024-6-5 10:27:14

sobereva 发表于 2024-6-5 02:50
用PME的情况，rcoulomb只影响耗时不影响结果，恰到好处时耗时才最低
范德华作用通常cutoff方式计算，在1.4 ...

好的好的，您解释的太清楚啦！谢谢您！

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