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[综合交流] 关于有机晶体建模的问题

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本帖最后由 1651561651 于 2024-6-5 19:28 编辑

各位大佬好,想请教一下各位有机晶体怎么建模?我上网查了CCDC晶体数据库,CCDC号为1495519,我下载了这个结构的cif文件,然后在MS里面打开之后就变成了下面这样,有两点问题:
1、硝基应该是一个双键一个单键,可是打开这个下载的文件里面全是单键

2、箭头指的地方应该只有一个硝基,这里怎么多了一个,而且靠得很近
这是否说明我下载的这个cif文件有问题?如果是,那么我要怎么自己去建这个有机晶体呢,我先是根据它的空间群以及晶格参数创建了一个盒子,然后向里面加原子,我想问的是:怎么得到对应原子的坐标,或者更标准的cif文件?

L0@IUD{}~H2O}`V8`SQPD(2.png (69.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

使用CCDC下载的cif文件

使用CCDC下载的cif文件

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发表于 Post on 2024-6-5 21:38:50 | 只看该作者 Only view this author
cif不体现形式键级,可视化程序怎么显示成键全靠程序自己判断
参考
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
只有mol2等格式才体现形式键级,看
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html

8成是原子占有度不为1。只保留一个基团然后优化
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-6 10:02:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-5 21:38
cif不体现形式键级,可视化程序怎么显示成键全靠程序自己判断
参考
谈谈原子间是否成键的判断问题

谢谢sob老师,我的问题解决了。

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