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[Molclus] 求助低共熔溶剂构型优化的初始构型建立

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老师好 做低共熔溶剂:氯化胆碱+乙二醇 与一个目标物 3个分子团簇的初始构型,看到文献上有根据表面静电势极值点,手动构建初始构型的,这样做靠谱吗?不靠谱的话这样的分子组合,能否用genmer来做初始构型检索,得到能量最低的构型,初学软件,具体应该怎么操作呢?

感谢!!!

t1.com

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发表于 Post on 2024-6-7 00:30:06 | 只看该作者 Only view this author
适合用genmer+molclus搜索团簇最稳定构型,比靠静电势摆初始结构明显更严格。静电势的考虑方式无法把分子间色散作用、极化和电荷转移作用考虑进去,很不充分。

genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-18 11:09:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 C9999 于 2024-6-18 11:16 编辑
sobereva 发表于 2024-6-7 00:30
适合用genmer+molclus搜索团簇最稳定构型,比靠静电势摆初始结构明显更严格。静电势的考虑方式无法把分子间 ...

老师好,我照着 “genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具” 做搜索时修改genmer.ini内容为:ngen= 50
ishuffle= 1
----
1
examples\y1.xyz
1
examples\chcl.xyz
得到的结果如图,是我的genmer.ini内容修改有问题吗?

wecom-temp-470539-c73d8ace96f82e6b35f2febae3c9ff59.jpg (676.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

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发表于 Post on 2024-6-19 05:00:30 | 只看该作者 Only view this author
C9999 发表于 2024-6-18 11:09
老师好,我照着 “genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具” 做搜索时修改genmer ...

8成是路径没写对
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-19 21:53:23 | 只看该作者 Only view this author
老师我把路径改成绝对路径,还是一样的结果

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发表于 Post on 2024-6-20 02:19:36 | 只看该作者 Only view this author
C9999 发表于 2024-6-19 21:53
老师我把路径改成绝对路径,还是一样的结果

把分子的xyz文件直接放在genmer的当前目录下,去掉路径里的目录部分,然后运行genmer。如果还不行,把整个genmer目录压缩后上传

如果需要我回复的话,记得每次点击我帖子下面的回复按钮,否则我大概率看不到。基本上我只看论坛首页帖子列表框
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-20 07:44:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-20 02:19
把分子的xyz文件直接放在genmer的当前目录下,去掉路径里的目录部分,然后运行genmer。如果还不行,把整 ...

老师已上传

genmer.rar

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发表于 Post on 2024-6-21 06:08:24 | 只看该作者 Only view this author

ngen=后面必须有空格
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-28 22:39:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-21 06:08
ngen=后面必须有空格

老师我用Spartan预测了一下分子的扭转键,我能参考这个用gentor做分子构象搜索吗。

扭转.png (145.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

扭转.png

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发表于 Post on 2024-6-29 05:49:32 | 只看该作者 Only view this author
C9999 发表于 2024-6-28 22:39
老师我用Spartan预测了一下分子的扭转键,我能参考这个用gentor做分子构象搜索吗。

除了刚性的肽键外,其它图中的黄色圆柱标注的二面角应当考虑可旋转性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-8 17:41:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-29 05:49
除了刚性的肽键外,其它图中的黄色圆柱标注的二面角应当考虑可旋转性

老师我用Multiwfn做拓扑分析计算BCP时未找到全部BCP

bcp.png (36.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

bcp.png

AIM.rar

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发表于 Post on 2024-7-8 18:22:39 | 只看该作者 Only view this author
C9999 发表于 2024-7-8 17:41
老师我用Multiwfn做拓扑分析计算BCP时未找到全部BCP

我不知道你怎么弄的
用当前Multiwfn最新版本,进入拓扑分析界面,依次输入2、3,就都找全了。



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-24 13:28:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-8 18:22
我不知道你怎么弄的
用当前Multiwfn最新版本,进入拓扑分析界面,依次输入2、3,就都找全了。

老师,用genmer生成构型,调用MOPAC进行半经验优化后,cl离子和氢相连接了,提交高斯后也是相连接的,再次生成构型也是如此,这种怎么解决呢?

企业微信截图_17217462219853.png (56.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

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发表于 Post on 2024-7-25 21:53:44 | 只看该作者 Only view this author
C9999 发表于 2024-7-24 13:28
老师,用genmer生成构型,调用MOPAC进行半经验优化后,cl离子和氢相连接了,提交高斯后也是相连接的,再 ...

如果是溶剂环境,必须带上溶剂模型,极性溶剂环境会使得离子状态明显被稳定化
如果考虑溶剂模型后H照样转移,用HF成份偏高的DFT泛函优化,诸如wB97XD
并且确保净电荷设对了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-1 13:09:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-25 21:53
如果是溶剂环境,必须带上溶剂模型,极性溶剂环境会使得离子状态明显被稳定化
如果考虑溶剂模型后H照样 ...

老师,我已上传构型搜索步骤文件,高斯输入文件可以直接提交吗?

输入文件.zip

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