VMD绘制成填色等值面图时为什么载入cube后闪退？

科研好难 · 发表于 Post on 2024-6-6 22:51:36

各位老师好，我按照讲义电子结构分析案例（图1）对周期性结构CaO晶体（图2）进行表面静电势着色图的绘制，按要求得到了电子密度和Hartree势的cube文件，用VMD先载入density.cube，再载入Hartree.cube后就立马闪退了，请问这是什么原因导致的呢？望懂得老师指点一下，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-7 00:12:10

没具体文件没法判断
可能原因之一是cub文件太大，而你用的是VMD 32bit版本或者虽然用的是64bit版本但物理内存太小，导致没法成功载入

科研好难 · 发表于 Post on 2024-6-7 22:10:12

sobereva 发表于 2024-6-7 00:12
没具体文件没法判断
可能原因之一是cub文件太大，而你用的是VMD 32bit版本或者虽然用的是64bit版本但物理 ...

sob老师，文件太大（330MB）我无法上传，我用的是32bit版的，可用内存大概是60GB，请问是文件太大的原因吗？是的话该怎么解决呢？或者说还有其他办法吗，我只是想读取表面静电势，之前您说过用VMD载入Hartree势的cube文件就可以读取，但我看了博文《Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用》后载入还是不知道怎么读取

xsc6 · 发表于 Post on 2024-6-7 23:16:04

科研好难发表于 2024-6-7 22:10
sob老师，文件太大（330MB）我无法上传，我用的是32bit版的，可用内存大概是60GB，请问是文件太大的原因 ...

用64位版的或者linux

早起 · 发表于 Post on 2024-6-11 21:24:53

可以将isosurface数值调小一点再选择后续的文件

科研好难 · 发表于 Post on 2024-6-13 10:28:27

早起发表于 2024-6-11 21:24
可以将isosurface数值调小一点再选择后续的文件

好的，我试试，谢谢老师

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[CP2K] VMD绘制成填色等值面图时为什么载入cube后闪退？