如何修改top文件和gro文件中分子的数量?

艾尔斯灿 · 发表于 Post on 2024-6-9 02:45:47

本帖最后由艾尔斯灿于 2024-6-9 03:17 编辑

ABCDEF.top是由ABC.itp和DEF.itp文件合并的
ABCDEF.gro是由ABC.gro和DEF.gro文件合并的

ABC.itp (14.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

ABC.gro (1.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

DEF.gro (472 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

DEF.itp (3.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

ABCDEF.gro (1.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

ABCDEF.top (270 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6)

我该如何查看并修改修改其中的盒子内分子数量与盒子的相关参数?
仅用top文件和gro文件运行动力学后生成的文件中我并没有发现分子数量的位置
难道是因为我运行gmx缺少pdb文件？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-6-9 23:10:15

分子数量在.top文件末尾的[ molecules ]字段，各分子数量和排列顺序和.gro文件中保持一致
用editconf修改盒子形状，用insert-molecules往盒子中插入分子

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[GROMACS] 如何修改top文件和gro文件中分子的数量?