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[CP2K] 为何使用cp2k模拟自由基与富勒烯反应,两者越来越远?

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我使用的是multiwfn创建的cp2k输入文件,按道理应该是靠近,请各位老师解答

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cp2k输入文件

事以密成,语以泄败

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发表于 Post on 2024-6-11 16:10:36 | 只看该作者 Only view this author
什么条件都不说,怎么设置也没说

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-11 17:03:07 | 只看该作者 Only view this author
Huschein 发表于 2024-6-11 16:10
什么条件都不说,怎么设置也没说

抱歉老师,我是想模拟富勒烯对自由基有清除或者淬灭作用,我这里用的是cp2k跑动力学,方法和基组是PBE/ TZV2P-MOLOPT-GTH,温度设置的是300K,但是这两个分子越来越远了,不知道是哪里出了问题
事以密成,语以泄败

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发表于 Post on 2024-6-11 19:43:37 | 只看该作者 Only view this author
是不是对输出轨迹没有进行周期性变换呢?用的是真实原子坐标?
两个对易的厄米算子可以有共同本征函数集

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发表于 Post on 2024-6-12 04:41:41 | 只看该作者 Only view this author
哪能不带色散校正
两个部分之间本来就没有静电吸引作用,再加上PBE描述不了分子间的色散吸引作用,分离开是极其正常的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-12 09:45:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-12 04:41
哪能不带色散校正
两个部分之间本来就没有静电吸引作用,再加上PBE描述不了分子间的色散吸引作用,分离开 ...

感谢sob老师的解惑,那请问下我应该选择什么基组和方法
事以密成,语以泄败

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发表于 Post on 2024-6-12 12:25:32 | 只看该作者 Only view this author
zhangs 发表于 2024-6-12 09:45
感谢sob老师的解惑,那请问下我应该选择什么基组和方法

加D3
仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413

如果加了D3还这样,设置初速度,让自由基往富勒烯这边打过来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-6-12 12:31:49 | 只看该作者 Only view this author
反应是有能垒的,你想直接看到这个过程有点难,可以做个MetaD增强采样诱导这个过程

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