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[Gaussian/gview] gaussian计算还原电位问题请教

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本帖最后由 大菠萝 于 2024-6-13 17:31 编辑

各位老师好,我想计算酯类分子的还原电位,查阅文献他们算的EC/Li+配合物相对于Li/Li+的还原电位大概都在0.5V左右。我自己重复了一下,算出来有1.38V,差距很大。下面是我的计算过程请各位老师帮忙看下问题出在哪。
1、在#p opt freq b3lyp/6-311+g(d,p) em=gd3bj scrf(SMD,solvent=water)级别下优化得电子前后的结构。得电子前电荷量设为1,自旋多重度为1.得电子后电荷量为0,自旋多重度为2
2、在#p B2PLYPD3/def2TZVP extrabasis级别下对1所得结构进行单点计算,并且添加了弥散。电荷量、自旋多重度和1一样。校正得到GA和GA-
3、在#p M052X/6-31G*、#p M052X/6-31G* scrf(SMD,solvent=water)级别下对1所得结构进行单点计算。电荷量、自旋多重度和1一样。相减计算出溶解自由能△GAs、△GA-s
换算为eV单位后,根据Ered=GA- - GA + △GA-s - △GAs - 3.0401(Li/Li+还原电位)得出还原电位
附件是得失电子前后俩个结构的优化输入文件

202406131655482884..png (378.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

文献1

文献1

202406131654009919..png (215.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

文献2

文献2

EC Li.gjf

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得电子前

EC- Li.gjf

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得电子后

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发表于 Post on 2024-6-13 20:54:08 | 只看该作者 Only view this author
检查一下
在SI Fig. 2里,文献用的是SMD/Acetone,你用的是SMD/water;
你用的优化泛函和文中一样吗?我看SI Fig.2中所写的泛函并没有加D3矫正和阻尼矫正;
你用的单点能计算的泛函/基组和文章里用的一样吗?
你用的Gaussian版本和文章里是一样的吗?

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发表于 Post on 2024-6-13 21:08:50 | 只看该作者 Only view this author
话说“Ered=GA- - GA + △GA-s - △GAs - 3.0401(Li/Li+还原电位)”,这里面的G是能量吧,单位是eV,你减Li/Li+的标准电位之前换算成V了吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-13 21:19:18 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-6-13 20:54
检查一下
在SI Fig. 2里,文献用的是SMD/Acetone,你用的是SMD/water;
你用的优化泛函和文中一样吗?我 ...

感谢回答
SMD溶剂用的确实不一样,是我疏忽了,SI文件里他算EC的LUMO用的溶剂是水,下意识以为是统一的。
优化泛函用的和文献2是一样的。这部分计算的计算细节就这张图上这些了,校正没提加没加,这种有没有可能加了没写这样,我是本着加了没坏处的原则就加了。
单点计算的泛函/基组也没提,可能都没进行单点计算。
版本是一样的。
我主要是想问问我这个计算方法有没问题,那我照着所有级别都一样再试一遍,感谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-13 21:34:25 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-6-13 21:08
话说“Ered=GA- - GA + △GA-s - △GAs - 3.0401(Li/Li+还原电位)”,这里面的G是能量吧,单位是eV,你减 ...

E_red=-ΔG_red/nF,除以n就是转换为V了吧

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发表于 Post on 2024-6-13 21:40:01 | 只看该作者 Only view this author
大菠萝 发表于 2024-6-13 21:34
E_red=-ΔG_red/nF,除以n就是转换为V了吧

如果你除过nF的话就没啥问题

矫正后的自由能求差,得到的就是电离/结合能,再用nF除,最后减去标准电势,就可以了。

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