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[GROMACS] Gromacs产生相阶段生成mdrun文件报错

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本帖最后由 jlyjlysjd 于 2024-6-14 14:48 编辑

我的产生相阶段使用命令:
gmx grompp -f prd.mdp -o prd -pp prd -po prd -c eql -t eql后报了这个错。

我是加入了nstvout= 500后就报错了,不太明白这个错误Did not find a frame with coordinates in file eql.trr意味着什么,请各位老师帮助。
另外同时有一个警报:WARNING: Did not find a frame with velocities in file eql.trr, all velocities will be set to zero! 不太能理解为什么会没有速度呢?
我是想做速度自相关的,但是自从加入了记录速度以后就开始报错了,请老师们帮我看看问题出在哪里了呢?
附:eql.mdp:
integrator               = md        
dt                       = 0.002     
nsteps                   = 5000000   

nstenergy                = 500
nstlog                   = 500
nstxout-compressed       = 1000
nstvout                                         = 500
nstfout                                         = 500

constraint-algorithm     = lincs
constraints              = h-bonds

annealing = single
annealing_npoints = 7
annealing_time = 0 1000 2000 3000 4000 5000 7000
annealing_temp = 0 500 500 400 400 298.15 298.15

pbc                                          = xyz
cutoff-scheme            = Verlet
coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.0
vdwtype                  = Cut-off
rvdw                     = 1.0
DispCorr                 = EnerPres

tcoupl                   = V-rescale
tc-grps                  = System
tau-t                    = 0.2
ref-t                    = 298.15

pcoupl                   = C-rescale
tau_p                    = 1.0
compressibility          = 8.5e-5
ref_p                    = 1.0

gen_vel  = yes
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1


这里做完能量最小化以后,我让每一个离子都产生了一个速度,eql运行完后,每一个粒子是不是应该都有了一个自己的速度呢?
prd.mdp:
integrator               = md        
dt                       = 0.002     ; 2 fs
nsteps                   = 5000000    ; 5.0 ns

nstenergy                = 5000
nstlog                   = 5000
nstxout-compressed       = 2000
nstvout                                         = 5000
nstfout                                         = 5000

continuation             = yes
constraint-algorithm     = lincs
constraints              = h-bonds

pbc                                          = xyz
cutoff-scheme            = Verlet

coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.0

vdwtype                  = Cut-off
rvdw                     = 1.0
DispCorr                 = EnerPres

tcoupl                   = V-rescale
tc-grps                  = System
tau-t                    = 0.2
ref-t                    = 298.15

pcoupl                   = C-rescale
tau_p                    = 1.0
compressibility          = 8.5e-5
ref_p                    = 1.0

gen_vel  = no


在产生相这里我就设定为了no,想让粒子继续按着原有的速度模拟,但是就出现了上文的错误,请问这是怎么回事呢?

本版积分规则 Credits rule

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