计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1102|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] gromacs模拟多糖mdrun途中段错误怎么办

[复制链接 Copy URL]

62

帖子

0

威望

395

eV
积分
457

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
多糖链结构文件是由charmm-gui网站生成的,top文件由pdb2gmx命令得到,力场是charmm36,其中糖残基rtp文件我是用charmm-gui网站的itp文件自己写的,经过steep+cg能量最小化、nvt退火,npt平衡到正式模拟,前面都没什么问题,但正式模拟到几千万步就会突然段错误停掉,根据sob老师在思想家公社的思路排查了,但我实在找不到原因在哪。各文件我都上传附件了,希望有大佬帮忙耐心看看问题出在哪。
starting mdrun 'Protein in water'
100000000 steps, 100000.0 ps.
step 37000: timed with pme grid 96 28 28, coulomb cutoff 1.200: 36.4 M-cycles
step 37200: timed with pme grid 84 25 25, coulomb cutoff 1.278: 38.4 M-cycles
step 37400: timed with pme grid 72 20 20, coulomb cutoff 1.536: 46.7 M-cycles
step 37600: timed with pme grid 72 24 24, coulomb cutoff 1.491: 44.8 M-cycles
step 37800: timed with pme grid 80 24 24, coulomb cutoff 1.342: 42.1 M-cycles
step 38000: timed with pme grid 84 24 24, coulomb cutoff 1.280: 38.7 M-cycles
step 38200: timed with pme grid 84 25 25, coulomb cutoff 1.278: 52.5 M-cycles
step 38400: timed with pme grid 96 25 25, coulomb cutoff 1.229: 37.3 M-cycles
step 38600: timed with pme grid 96 28 28, coulomb cutoff 1.200: 38.1 M-cycles
              optimal pme grid 96 28 28, coulomb cutoff 1.200
step 12212400, will finish Thu Jun 20 02:45:44 2024段错误

修改的糖残基rtp
[ BM2A ]
; 2-o-acetyl-beta-D-mannose
  [ atoms ]
       C1   CC3162  0.2900   1
       H1     HCA1  0.0900   1
       C5   CC3163  0.1100   1
       H5     HCA1  0.0900   1
       O5   OC3C61 -0.4000   1
       C2   CC3161  0.1700   2
      CY2    CC331 -0.3100   2
     HY21     HCA3  0.0900   2
     HY22     HCA3  0.0900   2
     HY23     HCA3  0.0900   2
      CX2    CC2O5  0.9000   2
      OX2    OC2D1 -0.6300   2
       H2     HCA1  0.0900   2
       O2    OC301 -0.4900   2
       C3   CC3161  0.1400   3
       H3     HCA1  0.0900   3
       O3    OC311 -0.6500   3
      HO3     HCP1  0.4200   3
       C4   CC3161  0.0900   4
       H4     HCA1  0.0900   4
       O4    OC301 -0.3600   4
       C6    CC321  0.0500   5
      H61     HCA2  0.0900   5
      H62     HCA2  0.0900   5
       O6    OC311 -0.6500   5
      HO6     HCP1  0.4200   5
  [ bonds ]
       C1   -O4
       C1    H1
       C1    O5
       C1    C2
       C2    H2
       C2    O2
       O2   CX2
      CX2   OX2
      CX2   CY2
      CY2  HY21
      CY2  HY22
      CY2  HY23
       C2    C3
       C3    H3
       C3    O3
       O3   HO3
       C3    C4
       C4    H4
       C4    O4
       O4   +C1
       C4    C5
       C5    H5
       C5    C6
       C6   H61
       C6   H62
       C6    O6
       O6   HO6
       C5    O5
  [ angles ]
   C4    O4   +C1
  [ dihedrals ]
   C5    C4    O4   +C1
   C3    C4    O4   +C1
   H4    C4    O4   +C1
   C4    O4   +C1   +H1
   C4    O4   +C1   +O5
   C4    O4   +C1   +C2

agm24.pdb

45.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

topol.top

160.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

posre.itp

9.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

steepem.mdp

933 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

cgem.mdp

568 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

NPTequilibration.mdp

2.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

NPTmd.mdp

2.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

NVTequilibration.mdp

2.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 07:46 , Processed in 0.313542 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list