计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2034|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VASP] 超算平台的vasp计算结果与正常编译的vasp计算结果差异巨大

[复制链接 Copy URL]

23

帖子

0

威望

329

eV
积分
352

Level 3 能力者

各位老师同学,我们的一个客户反应,其在某商用超算平台进行的vasp计算,所得到的能量与我们编译的vasp计算的能量,相差0.5eV。客户在超算平台提供的vasp(vasp.5.4.4)计算得到的 TOTEN=-107.503 eV。而我们编译的vasp得到结果均为 TOTEN=-108.069 eV。 注:所有输入文件(incar/kpoints/poscar/potcar)均完全一致。

按照我们的理解,正常的vasp编译结果不可能出现如此大的能量差异。因此,我们更换不同vasp版本(5.4.4/6.3.0/6.3.2/6.4.2); 使用不同的编译器(intel2017/intel2018/intel2019/oneapi2022/aocc+aocl),在不同的处理器上进行 (intel / amd)进行了;编译时均使用arch文件夹内的makefile.include.linux_intel 编译模板,未做任何更改。得到的计算结果均为-108.069 eV。

我找出了我博士期间在该超算平台账号,其中就有当时平台给我提供的vasp执行文件(超算平台利用intel2017编译的vasp.5.4.4,仅提供给我vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std执行文件),我利用该vasp_std进行了测试,发现结果为TOTEN=-107.503 eV。这结果和我们客户的在该超算计算的结果一致。我们目前无法确认该超算平台的计算结果是否正确,但是我们非常希望找到造成这样差异的根源在哪。以及,正确的结果是-107.503 eV还是-108.069 eV。


我们开始请教专业做vasp计算的老师、同学。得到的信息是:结构优化中,能量越小,可能是越合理的,即-108.069 eV可能是更合理的结果。但是目前问题依旧停留在 “vasp在什么编译条件下或并行环境下,会造成如此的误差 ”。由于本人不是专门做第一项原理计算,对于理论及vasp软件了解不够深刻,特希望在论坛寻求答案。

我列出两种计算结果输入及OUTCAR文件,各位老师同学,可以在自己的平台下测试下该计算的能量结果(使用vasp_std计算,三代志强32核大概需要10min计算结束)。如果能找出这个问题的原因,可能能给到我们一些对于vasp计算的警示,特别是如果vasp编译可能导致计算结果巨大差异,那么我应该谨慎对待各类平台提供的vasp执行文件



期待各位老师同学的测试及反馈

test-107eV.zip

1.95 MB, 下载次数 Times of downloads: 5

test-108eV.zip

1.94 MB, 下载次数 Times of downloads: 10

1106

帖子

0

威望

3968

eV
积分
5074

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2024-6-22 21:21:22 | 只看该作者 Only view this author
最大的可能性是超算平台编译 VASP 5.4.4 的时候没有打补丁。而且这个补丁正好针对是你用的泛函 optB88


23

帖子

0

威望

329

eV
积分
352

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-23 14:15:59 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2024-6-22 21:21
最大的可能性是超算平台编译 VASP 5.4.4 的时候没有打补丁。而且这个补丁正好针对是你用的泛函 optB88


...

感谢老师的回答,我测试了下,的确是这个patch没有打的原因!感激不尽

2407

帖子

1

威望

5960

eV
积分
8387

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2024-6-23 14:35:09 | 只看该作者 Only view this author
这个平台也真是2B

安装软件不打补丁,真白痴呀!

要么不安装应用软件,让用户自己负责。
安装软件吧,就要有点常识,
该升级的升级,该打补丁的打补丁。

High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

1

帖子

0

威望

851

eV
积分
852

Level 4 (黑子)

5#
发表于 Post on 2024-10-12 14:51:04 | 只看该作者 Only view this author
好奇哪个超算平台,避雷一下

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 05:56 , Processed in 0.268746 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list