使用gmx hbond命令计算氢键数量时该如何选择group？

12313 · 发表于 Post on 2024-6-24 11:26:51

各位老师好，我是新手，我想问一下在对蛋白配体大分子体系模拟完成后，使用gmx hbond指令对氢键数量进行分析时，该如何选择组别？或者是对于该体系进行氢键数量的分析时，一般会选择哪部分？

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-6-24 15:24:04

从你的Index文件来看，不应该选择1Protein和13MOL吗？

12313 · 发表于 Post on 2024-6-24 15:51:55

dayu8278 发表于 2024-6-24 15:24
从你的Index文件来看，不应该选择1Protein和13MOL吗？

谢谢老师，那这个选择1和13的先后顺序有影响吗

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-6-24 16:58:18

12313 发表于 2024-6-24 15:51
谢谢老师，那这个选择1和13的先后顺序有影响吗

你和我之间距离，我和你之间的距离，你觉有区别吗呢？

12313 · 发表于 Post on 2024-6-24 18:08:26

dayu8278 发表于 2024-6-24 16:58
你和我之间距离，我和你之间的距离，你觉有区别吗呢？

哈哈哈哈，好的明白了谢谢

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[GROMACS] 使用gmx hbond命令计算氢键数量时该如何选择group？