使用hbond 出现Segmentation fault【已解决】

thezsd

gromacs为2023，服务器内存200g，在运行完成25ns后使用hbond计算氢键，具体如下：


echo -e “1\n13” | gmx_mpi hbond -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -num -hbm -hbn



Select a group: Selected 1: 'Protein'
Select a group: Selected 13: 'MOL'
Checking for overlap in atoms between Protein and MOL
Calculating hydrogen bonds between Protein (11283 atoms) and MOL (65 atoms)
Found 982 donors and 2019 acceptors
Making hbmap structure...done.
Reading frame       0 time    0.000   
Will do grid-search on 25x25x25 grid, rcut=0.34999999
Frame loop parallelized with OpenMP using 128 threads.
Reading frame   12000 time 24000.000   
Found 52 different hydrogen bonds in trajectory
Found 114 different atom-pairs within hydrogen bonding distance
Merging hbonds with Acceptor and Donor swapped
325/982[comput24:41390:0:41390] Caught signal 11 (Segmentation fault: address not mapped to object at address (nil))
==== backtrace (tid:  41390) ====
0 0x0000000000014070 .annobin_sigaction.c()  sigaction.c:0
1 0x0000000000fffbc3 _INTERNALb7fb3a0b::do_merge()  gmx_hbond.cpp:0
2 0x0000000000fff4c9 _INTERNALb7fb3a0b::merge_hb()  gmx_hbond.cpp:0
3 0x0000000000ff7fc5 gmx_hbond()  ???:0
4 0x0000000000e17207 gmx::CommandLineModuleManager::run()  ???:0
5 0x000000000040aa8a main()  ???:0
6 0x0000000000027453 __libc_start_main()  ???:0
7 0x000000000040a929 _start()  ???:0
/opt/gridview/slurm/spool/slurmd/job15569/slurm_script: line 20: 41389 Done                    echo -e "1\n13"
     41390 Segmentation fault      (core dumped) | gmx_mpi hbond -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -num -hbm -hbn


请问有大佬知道问题可能出在哪里吗

低调的板凳

建议：
1.降低并行数。
2.先跑2000帧试试。

thezsd

低调的板凳 发表于 2024-6-24 16:53
建议：
1.降低并行数。
2.先跑2000帧试试。

多谢，我尝试了你的建议，依旧出现了问题
随后我换了软件，使用了gmx（gromacs2023.2），而不是gmx_mpi，问题得到了解决，即使在128并行，跑全部帧的情况下，依旧可以正常运行。