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[GROMACS] 求助:超算跑mdrun出现Update groups can not be used for this system because th...

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本帖最后由 Changtx 于 2024-6-25 22:54 编辑

新手小白,跑gromacs,体系是有机离子水溶液的分相模拟,通过packmol构建初始结构,进行em、100ps nvt、2ns npt 、10ns pro-md-npt,使用超算平台GPU版本2023.2,运行过程中出现下面的提示:Update groups can not be used for this system because there are three or more consecutively coupled constraints,程序还是可以正常跑完的,但想请问大家这段话对模拟的结果有没有影响,因为模拟的结果本来不该混溶的有机分子和水分子互溶了,后续又进行了30 ns npt ,还是没有改变,同时检查了自己的gro文件是轻原子跟在重原子后面的,各位老师赐教。

下面是npt.mdp文件内容:
integrator               = md
dt                       = 0.001
nsteps                   = 10000000

nstxout                  = 50000
nstvout                  = 50000
nstfout                  = 50000
nstenergy                = 50000
nstlog                   = 50000
energygrps               = System

nstlist                  = 5
ns-type                  = Grid
pbc                      = xyz
rlist                    = 1.0

coulombtype              = PME
pme_order                = 4
fourierspacing           = 0.16
rcoulomb                 = 1.0
vdw-type                 = Cut-off
rvdw                     = 1.0

Tcoupl                   = v-rescale
tc-grps                  = System  
tau_t                    = 0.1      
ref_t                    = 313.15      

DispCorr                 = EnerPres

; 压力耦合
Pcoupl                   = Parrinello-Rahman ; Parrinello-Rahman控压器.
Pcoupltype               = Isotropic         ; isotropic 指盒子可以平均地向各个方向(x, y,z)膨胀或压缩以维持一定的压力. 进行膜模拟时需要用semiisotropic.
tau_p                    = 2.0               ; 压力耦合的时间常数(单位ps).
compressibility          = 4.5e-5            ; 溶剂的压缩系数(4.5e-5为水在300 K和标准大气压下的压缩系数).
ref_p                    = 1.0               ; 压力耦合的参考压力(单位bar, 1大气压约为0.983 bar).
refcoord_scaling         = com

gen_vel                  = no                ; 不产生速度

constraints              = h-bonds
continuation             = yes
constraint_algorithm     = lincs
lincs_iter               = 1
lincs_order              = 4





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发表于 Post on 2024-6-26 03:36:10 | 只看该作者 Only view this author
对模拟结果没影响,只不过此时默认的-update gpu相当于关了,会损失GPU加速性能
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-26 13:01:16 | 只看该作者 Only view this author
那老师我想请问该如何把这个警告消除掉呢,还有就是我的力场是用OPLS-AA,经过LigParGen网站获得到的itp文件,可能是因为电荷我没有进行修改导致水分子和NHD(聚乙二醇二甲醚)混合,我看社长另一篇帖子说修改为1.2*CM5,您看可能是这方面出了问题吗?

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