计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 984|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:使用martini力场官网推荐的mdp设置进行粗粒化模拟时,为什么total energy这么小

[复制链接 Copy URL]

4

帖子

0

威望

97

eV
积分
101

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师同学们好,最近我在使用martini力场进行有关多肽间的静电复合的粗粒化模拟时,遇到了使用gmx energy得到的total energy为正的奇怪情况。在论坛里寻找可能的原因时,看到某位老师说,使用martini力场时,mdp设置要严格和他们示例文件中一致,否则会影响势函数,于是我将coulombtype从PME改成了reaction-field,结果得到的total energy为 -6123.57 kJ/mol,这显然不合理,我想知道是哪里出现了问题。

以下是我使用的mdp设置:
title                    = Production Simulation
cpp                      = /lib/cpp

integrator               = md
tinit                    = 0      
dt               =  0.01   
nsteps           =  100000000

nstxout                  = 50000
nstvout                  = 50000
nstfout                  = 0     
nstlog                   = 2500  
nstenergy                = 2500
nstxtcout                = 2500  
energygrps               = Protein Non-Protein

nstlist                  = 5
ns-type                  = Grid
pbc                      = xyz
rlist                    = 0.9

coulombtype              = Reaction-Field
rcoulomb                 = 1.4
epsilon_rf               = 54
epsilon_r                = 1
vdw-type                 = Cut-off
rvdw                     = 1.4

Tcoupl                   = v-rescale
tc-grps                  = Protein  Non-Protein
tau_t                    = 0.1      0.1
ref_t                    = 300      300

Pcoupl                   = parrinello-rahman
Pcoupltype               = Isotropic
tau_p                    = 1.0
compressibility          = 4.5e-5
ref_p                    = 1.0

gen_vel                  = no

constraints              = H-bonds
constraint-algorithm     = Lincs
unconstrained-start      = yes
lincs-order              = 4
lincs-iter               = 1
lincs-warnangle          = 30

9

帖子

0

威望

119

eV
积分
128

Level 2 能力者

2#
发表于 Post on 2024-9-10 14:16:33 | 只看该作者 Only view this author
请问我在使用Martinize.py脚本时一直报错。 File "E:\MD\martinize.py-master\martinize.py-master\MAIN.py", line 71, in main
    for chain in chain_list:
NameError: name 'chain_list' is not defined,我能咨询一下老师您这是为什么吗?
我的命令是 python.exe ./martinize.py -f .\M67C4.pdb -o topol.top -ss EE -x protein_CG.pdb -name protein -ff martini22 -nt

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 23:14 , Processed in 0.247893 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list