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[GROMACS] gromacs运行能量最小化过程中报错

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楼主
在用Gromacs进行蛋白质与纤维素面能量最小化过程中出现以下报错
The largest distance between excluded atoms is 3.065 nm, which is larger than the cut-off distance. This will lead to missing long-range corrections in the forces and energies.
下面是我的em.mdp文件。因为纤维素链是周期性共价体系,加入了periodic-molecules = yes
; Parameters describing what to do, when to stop and what to save
integrator        = steep                ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)
emtol                = 100.0          ; Stop minimization when the maximum force < 5.0 kJ/mol
emstep      = 0.01      ; Energy step size
nsteps                = 50000                  ; Maximum number of (minimization) steps to perform
; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions
nstlist                    = 1                    ; Frequency to update the neighbor list and long range forces
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type                    = grid                ; Method to determine neighbor list (simple, grid)
rlist                    = 1.0                ; Cut-off for making neighbor list (short range forces)
coulombtype            = PME                ; Treatment of long range electrostatic interactions
rcoulomb            = 1.0                ; long range electrostatic cut-off
rvdw                    = 1.0                ; long range Van der Waals cut-off
pbc                        = xyz                 ; Periodic Boundary Conditions
vdwtype         = cut-off
DispCorr        = no
periodic-molecules = yes
请问一下这种情况该怎么更改啊,是要改截断距离吗

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发表于 Post on 2024-6-26 21:00:40 | 只看该作者 Only view this author
扩胞试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-27 09:32:58 | 只看该作者 Only view this author

因为纤维素纤维结构是我直接通过cellulose-builder程序生成的pdb文件,该如何进行扩胞呢

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发表于 Post on 2024-6-27 21:32:24 | 只看该作者 Only view this author
雨中宇 发表于 2024-6-27 09:32
因为纤维素纤维结构是我直接通过cellulose-builder程序生成的pdb文件,该如何进行扩胞呢

盒子改小一点
愿艾欧尼亚之灵指引你。

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5#
发表于 Post on 2024-6-27 23:40:10 | 只看该作者 Only view this author
box大小与纤维素周期匹配

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6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-28 08:42:19 | 只看该作者 Only view this author
zdworld 发表于 2024-6-27 23:40
box大小与纤维素周期匹配

好的,因为我加了蛋白质就在Z方向延长了一些,把盒子整体也扩大了一些,我把盒子改一下看看,谢谢

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7#
发表于 Post on 2025-1-21 08:23:28 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主解决了莫,我也是同样的问题。是改em.mdp 文件莫?我的盒子是cubic,我看是完全包裹着蛋白的。

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8#
发表于 Post on 2025-1-22 04:35:28 | 只看该作者 Only view this author
z1065480896 发表于 2025-1-21 08:23
请问楼主解决了莫,我也是同样的问题。是改em.mdp 文件莫?我的盒子是cubic,我看是完全包裹着蛋白的。

可以把盒子扩大

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