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[Gaussian/gview] GaussView 6闪退,显示“段错误(核心已经转储)”

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本帖最后由 751960653 于 2024-6-27 20:15 编辑

Vmware虚拟机,RockyOS 9.4。Gaussian版本为16GaussView版本为6.0.16。

Gaussian先安装,可正常运行。gv解压之后,复制到g16文件夹下(也试过直接放在user文件下,使用时也报错),.bashrc写入以下内容:
  1. export GV_DIR=/home/user/g16/gv
  2. export LIBPATH=/home/user/g16/gv
  3. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/user/g16/gv/lib
  4. PATH=$PATH:/home/user/g16/gv
  5. alias gv='/home/user/g16/gv/gview.exe'
复制代码
首次在shell中输入“gv"提示要安装libGLU等,使用yum成功安装了mesa-libGLU-9.0.1-6.el9.x86_64。
shell中再输入“gv"可以打开gv,可看到图形欢迎界面,但用file-open打开文件就立刻闪退(打开tests下的.com文件也闪退),shell显示“段错误(核心已经转储)”;同样在画板上一开始画结构就闪退,shell显示同样的错误(会在scratch文件夹下生成一个空的文件夹,名称为gv_时间,例如gv6_27_2024_19_45_20),只要不载入文件和画结构,点gv的其它选项、设置prefenrences均不会闪退(设置可保存生效)。

根据shell提示的错误在网络上搜索解决方法,使用ulimit -a命令,结果如下图,使用ulimit -c unlimited命令之后,core file size还是为0,打开gv还是上述报错。
各位是否有知道哪里出问题了,该如何解决闪退问题?

屏幕截图 2024-06-27 195603.png (47.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 100)

屏幕截图 2024-06-27 195603.png

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发表于 Post on 2024-6-27 22:09:58 | 只看该作者 Only view this author
都用上虚拟机了,为什么不用 win 下的 gview,虚拟机算完的,直接拖到 win 下看,省的捣腾。之前我在 arch 和 fedora 装 gview 倒是没出现这个问题。
KimariYB, Postgraduate, XiaMen University
School of Electronic Science and Engineering (National Model Microelectronics College)
Research interests: theoretical and computational chemistry and machine learning

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发表于 Post on 2024-6-27 22:20:33 | 只看该作者 Only view this author
可以试试通过gview.sh来运行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-28 08:48:34 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2024-6-27 22:20
可以试试通过gview.sh来运行

使用gview.sh来运行也出现闪退的问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-29 11:53:50 | 只看该作者 Only view this author
kimariyb 发表于 2024-6-27 22:09
都用上虚拟机了,为什么不用 win 下的 gview,虚拟机算完的,直接拖到 win 下看,省的捣腾。之前我在 arch  ...

谢谢你的建议,解决不了就暂时这样处理了。

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发表于 Post on 2024-7-5 16:51:46 | 只看该作者 Only view this author
我们大概是遇到了同样的问题,你可以试试用鼠标点击file然后光标放到recent files上,出现你最近打开的目录之后把光标放到随便哪个目录上,然后快速把光标移动到gaussview界面之外,百分之百闪退,这应该是xshell的一个固有bug,我用薛定谔也有时候会闪退

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-8 21:25:20 | 只看该作者 Only view this author
ra2123456 发表于 2024-7-5 16:51
我们大概是遇到了同样的问题,你可以试试用鼠标点击file然后光标放到recent files上,出现你最近打开的目录 ...

我是打开文件后进行了操作的话,必定闪退,也因此我的recent files一直是灰色。进行gv软件设置不会闪退,进行其它操作之后估计是需要额外写入数据就闪退。

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发表于 Post on 2024-8-5 14:46:35 | 只看该作者 Only view this author
试试这个

  1. gv -mesagl
复制代码

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-21 08:35:16 | 只看该作者 Only view this author

谢谢,前些天不能发帖,使用gv -mesagl后可以用了。能否解释下这其中是哪里出问题了?

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10#
发表于 Post on 2025-1-10 16:50:56 | 只看该作者 Only view this author

谢谢bai老师解答,但是这个代码在网上查不到,不知道它的具体含义。以后每次都使用这个应该没有问题吧?

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发表于 Post on 2025-1-10 17:28:48 | 只看该作者 Only view this author
veronia 发表于 2025-1-10 16:50
谢谢bai老师解答,但是这个代码在网上查不到,不知道它的具体含义。以后每次都使用这个应该没有问题吧?

可以看这些资料,里面有 -mesagl 是干什么的

https://csc.cnsi.ucsb.edu/docs/gaussview
https://hprc.tamu.edu/kb/Software/Gaussian/#loading-the-module

简单说就是 GaussView 依赖 OpenGL 这个库,而 Mesa 是一个 OpenGL 实现,-mesagl 即要求使用 Mesa 来提供 OpenGL 的功能,从而渲染分子这些

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发表于 Post on 2025-1-13 10:46:48 | 只看该作者 Only view this author
mizu-bai 发表于 2025-1-10 17:28
可以看这些资料,里面有 -mesagl 是干什么的

https://csc.cnsi.ucsb.edu/docs/gaussview

收到,谢谢bai老师

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发表于 Post on 2025-1-26 11:45:22 | 只看该作者 Only view this author
cz使用的是一台笔记本电脑,安装了Ubuntu双系统跑Gaussian
(2023年的 i7-13650 CPU 4060显卡)
之前用的是Ubuntu 23.04和23.10 显卡驱动使用的是NVIDIA的535版本
在命令行输入gv,使用GaussView正常

Ubuntu 更新到24.04之后,没想到再次输入gv
结果加载出一个白色的框框,之后就闪退了
命令行提示“段错误(核心已转储)”
cz本以为是新版的Ubuntu哪个程序和gaussview不兼容
找了半天还没找到
最后 意外地 发现
如果把显卡驱动切换成Xorg的nouveau就能正常打开Gaussview
使用NVIDIA的专有驱动就报错(而且cz也看不懂错误日志)

有人遇到和我一样的问题吗?
只有更新到Ubuntu 24.04 4060显卡使用NVIDIA的专有驱动才会报错
谢谢bbs的各位大佬

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发表于 Post on 2025-1-26 11:52:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sgwzq 于 2025-1-26 12:01 编辑
sgwzq 发表于 2025-1-26 11:45
cz使用的是一台笔记本电脑,安装了Ubuntu双系统跑Gaussian
(2023年的 i7-13650 CPU 4060显卡)
之前用的 ...

使用的Gaussview是6.0.16版本,Ubuntu是24.04版本(不想回滚因为23.10停止支持了,而22.04和新的笔记本的硬件貌似不兼容,触摸板用不了之类的)还需要什么信息都可以踢我,我都可以提供
附:bashrc是这么写的,因为之前的Ubuntu 23.10都没出现过问题,感觉应该不是bash的事
```bash
  1. export GV_DIR=/usr/local/gaussian/gv6
  2. export LIBPATH=/usr/local/gaussian/gv6
  3. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/gaussian/gv6/lib
  4. PATH=$PATH:/usr/local/gaussian/gv6
  5. alias gv6='gview.exe'
  6. alias gv='gview.exe'
复制代码
```
把gv g16的权限全部设成750了,应该不是权限的问题

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发表于 Post on 2025-1-27 17:03:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sgwzq 于 2025-2-7 15:20 编辑
sgwzq 发表于 2025-1-26 11:52
使用的Gaussview是6.0.16版本,Ubuntu是24.04版本(不想回滚因为23.10停止支持了,而22.04和新的笔记本的 ...

今天又做了一些实验,lz用的是游戏笔记本,显卡有核显和4060独立显卡,如果开启混合模式(Intel NVIDIA两个显卡一起用)就正常,不会出现那个报错,但是一旦打开独显直连,用独立显卡,就不行,独显用nouveau也没事……没想到还要考虑这种兼容问题

更新:cz又在Arch Linux上做了测试,桌面环境使用的是KDE plasma(之前说的Ubuntu采用的是GNOME)还使用相同的bashrc和环境变量,这次发现gview能打开,但是如果尝试在里面画什么东西,就会报错并提示Segmentation fault. 接着cz用gdb调试了一下,发现gdb给出这种提示:
  1. 0x0000155542cdecb8 in LLVMBuildBitCast ( ) from /usr/lib/libLLVM.so.19.1
复制代码
不知道这个报错Ubuntu的一样。

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