有关MOF结构优化及计算与气体间的结合能疑问

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-7-3 18:14:24

红茶泡枸杞发表于 2024-7-3 16:52
有个小问题，不知道为啥我下载的cif文件结构是乱的。我下载了您的cif文件，O和Al配位，应该不会接H了，现 ...

那个连接关系不要管，原子位置没问题即可，用MS的build-bonds大概重新处理一下，剩下的还是得手动做。

小可几何 · 发表于 Post on 2024-7-3 18:16:59

你好，我想请教一个简单的问题，就是如何将从超胞中截取的片段转化为周期性结构呢？

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2024-7-3 19:50:29

小可几何发表于 2024-7-3 18:16
你好，我想请教一个简单的问题，就是如何将从超胞中截取的片段转化为周期性结构呢？

我这方面不太懂，做法比较简单粗暴，直接给截出来的片段加了一个盒子。

红茶泡枸杞 · 发表于 Post on 2024-7-3 19:53:36

卡开发发发表于 2024-7-3 18:14
那个连接关系不要管，原子位置没问题即可，用MS的build-bonds大概重新处理一下，剩下的还是得手动做。

好的好的，谢谢老师。

Mortal · 发表于 Post on 2024-10-18 20:36:53

请问你的第二个从超胞截取出来是一个想要的片段还是重复单元？，还有你截取是直接将多余部分删掉吗？

streamlet · 发表于 Post on 2025-5-10 15:46:09

卡开发发发表于 2024-7-3 15:49
你给的链接上面可以下载cif格式，但是那个结构没有H，下载下来的结构是C48 H28 O20 Al4，但H没有坐标，MS ...

卡老师，想再咨询您一下，如果计算MOF和锌原子的吸附能，MOF结构中的结晶水（表面、内部）是可以删掉的吗？除此之外，结构中苯环上的氢，以及结构中与金属配位氧上的氢，是否也都可以删掉来做结构优化以及计算吸附原子的吸附能？

卡开发发 · 发表于 Post on 2025-5-10 21:05:57

streamlet 发表于 2025-5-10 15:46
卡老师，想再咨询您一下，如果计算MOF和锌原子的吸附能，MOF结构中的结晶水（表面、内部）是可以删掉的吗 ...

一般结晶水只是以氢键与MOF结合，甚至它们的位置可能不能被精确确定（氧原子分数占位），删掉应该也不会导致结构塌掉，而且这个结晶水也不参与主要关注的过程，这种情况可以删。苯环或氧上的H我暂时断定不了，得看具体结构，通常苯环上的H应该不太容易下来。

streamlet · 发表于 Post on 2025-5-10 23:19:05

卡开发发发表于 2025-5-10 21:05
一般结晶水只是以氢键与MOF结合，甚至它们的位置可能不能被精确确定（氧原子分数占位），删掉应该也不会 ...

非常感谢卡老师的回复

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