Gaussian16Linux版不报错，但计算异常缓慢，请问是什么原因？

宇将军 · 发表于 Post on 2024-6-28 17:58:39

本帖最后由宇将军于 2024-6-28 18:01 编辑

各位大佬，最近在学习使用Gaussian软件计算，在学校超算中心安装了G16-A03-AVX2，能正常运算，但是感觉算的非常慢。
于是我做了一个小测试，内容是使用b3lyp/6-31g优化苯甲酸分子结构。这是.gjf文件内容，除了//标出部分，两个.gjf内容完全一致（两个.gjf文件指：在计算平台的Gaussian16和自己电脑的Gaussian09W上运行的两个.gjf文件）
%chk=testbenzoicacid.chk                                     //g09路径与此稍有不同，存在我自己的D盘中，但这不是重点
%mem=80GB                                                       //g16设置80GB内存
%NPROC=28                                                       //g16设置28核
# opt b3lyp/6-31g

benzoicacid-youhua

0 1
C                1.16479617 0.72249538 0.00000000
C                -0.04330127 1.41999077 0.00000000
C                -1.25139872 0.72249538 0.00000000
C                -1.25139872 -0.67249538 0.00000000
C                -0.04330127 -1.36999077 0.00000000
C                1.16479617 -0.67249538 0.00000000
H                2.11708671 1.27230058 0.00000000
H                -0.04330127 2.51960117 0.00000000
H                -2.20368925 1.27230058 0.00000000
H                -2.20368925 -1.22230058 0.00000000
H                -0.04330127 -2.46960117 0.00000000
C                2.58507784 -1.49249538 0.00000000
O                2.59006229 -2.75088551 0.00000000
O                3.82207569 -0.77504413 0.00000000
H                4.55329791 -1.39706584 0.00175472

然后自己电脑上（Intel CORE i5）的Gaussian09W算了两分半左右，完成计算，正常终止，四个yes，文件名为benzoicacid-youhua.out在这里。

benzoicacid-youhua.out (134.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

testbenzoicacid.txt (86.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

计算中心（2680v4-28C-128G）的Gaussian16Linux算了半个多小时，还显示正常运行，既不报错，也不终止，我把输出文件导出来了，文件名为testbenzoicacid.log我也放在这里了。
然后我发现这两个输出文件前面基本是完全相同的，区别就在于我自己电脑上算完了，而计算中心只算了一半。请问各位大佬：为什么Linux版本，28核80GB内存算的这么慢？到底是哪里出问题了？

abin · 发表于 Post on 2024-6-28 19:18:09

本帖最后由 abin 于 2024-6-28 19:19 编辑

Slow disk I/O 或者其他……

使用2000个核心，算个苯，可能也会更慢。

Santz · 发表于 Post on 2024-6-28 19:21:42

2680v4 物理核心应该只有 14 吧，你把并行核数改到 14 试试。

宇将军 · 发表于 Post on 2024-6-28 19:57:58

本帖最后由宇将军于 2024-6-28 20:09 编辑

Santz 发表于 2024-6-28 19:21
2680v4 物理核心应该只有 14 吧，你把并行核数改到 14 试试。

感谢大佬的回复，我把核数改到14后有效，但不多，g16算了半个小时左右，算出来了，normal termination，4个yes。但这个速度还是很慢（虽然比28核的快多了。也很感谢大佬，终于是有正常的结束了）。但我自己的电脑的g09w两分半优化了两次就四个yes了，同样的输入文件，g16优化了五次才4个yes,还花了半小时，请问还有什么其他方法改善吗？

宇将军 · 发表于 Post on 2024-6-28 20:01:46

本帖最后由宇将军于 2024-6-28 20:04 编辑

abin 发表于 2024-6-28 19:18
Slow disk I/O 或者其他……

大佬您好，我其实是算大体系，算着觉得不对劲，才用小体系来试试看的，我最开始用的是132个原子，opt b3lyp/6-311g(d)，也是28核，80GB内存，算了九个半小时了，还没算出来，请问这是正常的吗？
因为我自己的电脑算这个大体系也是算很久算不出来（我觉得应该就是受到我自己电脑算力的限制），所以我也不知道计算平台到底正不正常，于是我才使用苯甲酸来算，因为我自己的电脑可以很轻易地算出来。

火星哥 · 发表于 Post on 2024-6-29 17:28:43

俺知道最浅显的是G16默认int=ultrafine,G09默认的积分格点比G16低，其他的俺也不知道，我也是用G16优化一两天，G09半天就能搞定。我的模型也很大

shenghan0303 · 发表于 Post on 2024-6-30 03:01:31

你连一个 #p 都不写，大家也从输出文件看不出来你是哪一步耗时非常长啊）

wxyhgk · 发表于 Post on 2024-6-30 10:03:43

本帖最后由 wxyhgk 于 2024-6-30 10:23 编辑

你说的 i5 是什么 i5，只说 i5 没有意义

2680v4 是老 cpu 了，性能更是被现在的主流移动 cpu 吊打。

还有就是 g16 的收敛标准是 10^{-12} 次方，而 g09 是 10^{-9} ，差三个数量级，所以请你把这些条件搞成一样，然后再进行对比.

还有一点是这样的

原来再论坛里面收集到的资料，

“如果你的主力使用软件是高斯，可以选择配备高主频最少2.5GHz，且低核心的CPU”

我看了下你这个 2680v4 主频只有 2.4 可能这个也会影响效率

我自己用我自己的 5950x 试了一下

25 秒搞定

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