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本帖最后由 Alset 于 2024-7-1 20:48 编辑
各位老师们好，
我打算用cp2k对64个水分子体系进行振动分析计算。计算级别是revPBE(D3)+TZV2P-MOLOPT-GTH。但是在任务运行片刻后出现了内存不足的报错。
我参考公社上过往的帖子，将提交命令改为mpirun -np 2 -env OMP_NUM_THREADS=16 cp2k.psmp vib.inp |tee vib.out （如果使用-x而非-env会出现报错)，同时.inp文件NPROC_REP 为1，提交会报错，只有-np为1时可以正常跑下去，但是速度极慢。我使用free -m | grep '^Mem' >> mem.log对内存使用情况进行检测，mem.log记录到最后的内存使用为220GB，已经十分接近节点最大内存256GB。
还有一个问题是，我准备了不同的样本（在不同压力下进行几何优化，其余设置完全相同），部分样本可以正常运行振动分析，不会出现内存问题，而个别则会出现内存问题。
请问各位老师有什么建议吗？
输入、输出文件，提交脚本以及内存监测文件都已经贴在附件。
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mem.log
9.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 5
内存监测
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vib.inp
3.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 10
输入文件
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vib.out
69.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 4
输出文件
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run-cp2k.sh
449 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3
提交脚本
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发表于 Post on 2024-7-1 20:45:33
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