模拟含有碳酸根的水溶液报错，残基间有不正常的bond

牧生

sobereva 发表于 2024-7-5 08:43
你的压缩包里没有gro文件

已经在1楼更新了压缩包，里面包含能量极小化前后的gro文件。。

低调的板凳

牧生 发表于 2024-7-4 18:39
能量极小化以后，的确是可以进一步跑NPT的，但是跑几十ns以后，就很容易出现报错，就停止了。

会不会是算的太准了

毕竟碳酸钠的碱式水解挺多的。。。  你这浓度算了下大概0.35mol/L，理论上会有差不多2.5%的碳酸根应该是碳酸氢根的形式。
实际碳酸根-碳酸氢根的平衡就是和水交换氢来着。 而模拟只能接近不能反应，不然就报错。

sobereva

用resid 1 6035就能看到下图，是H...O的静电作用太强导致距离较近，判断出了键导致提示unusual bond

牧生

sobereva 发表于 2024-7-5 10:26
用resid 1 6035就能看到下图，是H...O的静电作用太强导致距离较近，判断出了键导致提示unusual bond

我知道是电荷作用太强导致的问题。如果我把碳酸根的电荷改的的接近0，实际上是可以不报错顺利跑完的。。
但这样，电荷就是不合理的了。

疑问在于：RESP电荷必然是很好的，以前我跑任何溶液体系都很正常（有机物小分子体系，各种酸根离子的体系），但唯独含有碳酸根的体系，用了RESP电荷反而不行，这是为何？

tjuptz

牧生 发表于 2024-7-5 10:40
我知道是电荷作用太强导致的问题。如果我把碳酸根的电荷改的的接近0，实际上是可以不报错顺利跑完的。。
...

可能在实际化学环境中也不是整数的化学计量的电荷，因为离子也不是孤立存在的。所以之前楼上说很多溶液里离子也有系数调整对你的可能也适用啊，不一定是resp的问题，可能需要结合跟负离子电中和的物种结合来考虑