关于gaussian中PBC的symmetry的对称性计算前后变化求助

中大ZJY

本新人刚接触gaussian，需要计算一个晶胞的偶极矩的大小，在gif文件和计算后的log文件中，打开PBC中symmetry的lattics dimesions的三维坐标线框后，发现并不是一致的，想请问各位大神！！需要怎么才能保证输出文件按照我输入文件的坐标进行计算？或者如何固定某一特定方向进行偶极矩计算？


我提交的gif文件没有结构优化，是直接计算的，具体输入文件如下：
%chk=z-8.chk
%nprocshared=16
%mem=8GB
# b3lyp/gen iop(5/13=1)

z

0 1
I                  9.67328591    0.37861244    4.19609835
I                  9.53518591    4.81161244    4.32209835
I                 10.63248591    2.78331244    0.49999835
I                 13.56478591    2.81681244    4.00509835
Cd                10.89138591    2.66551244    3.23899835
I                  4.39148591    4.56621244   14.54159835
I                  4.52958591    8.99931244   14.41559835
I                  3.43238591    6.97091244   18.23769835
I                  0.49998591    7.00441244   14.73259835
Cd                 3.17338591    6.85321244   15.49869835
N                  1.87608591    6.77411244    4.86439835
H                  1.59008591    6.05221244    4.42439835
H                  2.67998591    7.00441244    4.55989835
H                  1.30548591    7.44251244    4.73829835
C                  1.96338591    6.45581244    6.33319835
H                  1.12358591    6.10241244    6.65379835
H                  2.66088591    5.80011244    6.49419835
C                  2.27098591    7.66191244    6.99859835
H                  1.52008591    8.26831244    6.93289835
H                  3.03978591    8.07901244    6.57869835
C                  2.58348591    7.37711244    8.48619835
C                  3.76718591    6.69871244    8.76249835
H                  4.34828591    6.47931244    8.07039835
C                  4.08318591    6.36371244   10.07179835
H                  4.87618591    5.90981244   10.25689835
C                  3.21548591    6.69041244   11.10599835
H                  3.42638591    6.46341244   11.98189835
C                  2.03068591    7.36881244   10.82959835
H                  1.44988591    7.58651244   11.52049835
C                  1.71488591    7.70381244    9.51909835
H                  0.92298591    8.15691244    9.33399835
N                 12.18878591    2.58651244   13.87329835
H                 12.47468591    1.86451244   14.31329835
H                 11.38478591    2.81681244   14.17779835
H                 12.75928591    3.25481244   13.99939835
C                 12.10148591    2.26821244   12.40449835
H                 12.94128591    1.91481244   12.08389835
H                 11.40388591    1.61241244   12.24349835
C                 11.79388591    3.47421244   11.73909835
H                 12.54468591    4.08061244   11.80489835
H                 11.02508591    3.89131244   12.15899835
C                 11.48128591    3.18951244   10.25149835
C                 10.29768591    2.51111244    9.97519835
H                  9.71658591    2.29171244   10.66729835
C                  9.98158591    2.17611244    8.66599835
H                  9.18868591    1.72211244    8.48079835
C                 10.84938591    2.50271244    7.63169835
H                 10.63838591    2.27571244    6.75579835
C                 12.03408591    3.18111244    7.90809835
H                 12.61498591    3.39891244    7.21719835
C                 12.34998591    3.51611244    9.21859835
H                 13.14178591    3.96921244    9.40369835
N                  6.61268591    2.56971244    4.40159835
H                  7.19238591    2.04211244    3.98039835
H                  6.81608591    3.42151244    4.23929835
H                  5.79008591    2.40051244    4.10779835
C                  6.67908591    2.31011244    5.89459835
H                  6.40248591    1.39971244    6.07839835
H                  7.59568591    2.41561244    6.20039835
C                  5.78348591    2.98851244    8.08649835
C                  4.81428591    2.10911244    8.55729835
H                  4.24148591    1.68861244    7.95899835
C                  4.70248591    1.86621244    9.92019835
H                  4.05398591    1.28081244   10.23539835
C                  5.55868591    2.50271244   10.81359835
H                  5.48318591    2.33771244   11.72569835
C                  6.52788591    3.38211244   10.34269835
H                  7.10098591    3.80421244   10.93959835
C                  6.63988591    3.62501244    8.97849835
H                  7.28838591    4.21211244    8.66329835
C                  5.83028591    3.23141244    6.59209835
H                  4.92948591    3.15261244    6.23259835
H                  6.13778591    4.13171244    6.42449835
N                  7.45208591    6.75741244   14.33609835
H                  6.87248591    6.22971244   14.75729835
H                  7.24868591    7.60911244   14.49839835
H                  8.27468591    6.58821244   14.62989835
C                  7.38568591    6.49771244   12.84309835
H                  7.66228591    5.58731244   12.65929835
H                  6.46908591    6.60331244   12.53729835
C                  8.28128591    7.17611244   10.65119835
C                  9.25048591    6.29671244   10.18039835
H                  9.82338591    5.87631244   10.77869835
C                  9.36228591    6.05381244    8.81749835
H                 10.01078591    5.46841244    8.50229835
C                  8.50618591    6.69041244    7.92419835
H                  8.58158591    6.52541244    7.01199835
C                  7.53698591    7.56981244    8.39499835
H                  6.96388591    7.99191244    7.79809835
C                  7.42488591    7.81261244    9.75919835
H                  6.77638591    8.39981244   10.07439835
C                  8.23448591    7.41901244   12.14559835
H                  9.13538591    7.34031244   12.50509835
H                  7.92698591    8.31941244   12.31319835

Cd I 0
sdd
****
C H N 0
6-311+G*
****

Cd I 0
sdd

计算前PBC中symmetry的lattics dimesions的三维坐标线框如图1
计算前PBC中symmetry的lattics dimesions的三维坐标线框如图2

求助大神帮忙！！！

sobereva

iop(5/13=1)这种害死人的关键词绝对不要加，看此文末尾
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

高斯里做PBC用弥散函数非常危险，建议去掉

你用了赝势却没写ecp，结果完全没有任何意义，把gen替换为genecp

加nosymm也许能避免你的问题，但在此之前先把其它上述严重问题解决了再说

zhyho00824

sobereva 发表于 2016-12-14 23:23
iop(5/13=1)这种害死人的关键词绝对不要加，看此文末尾
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61 ...

老师，有没有好点的高斯做PBC的教程啊，官方的那个看不出啥门道出来。
%nprocshared=12
%mem=96GB
%chk=E:\THZ\maleic fumaric\fumaricPBC.chk
#P b3lyp/6-311+g(d,p)  pbc
这是我的输入文件，本身不是搞量子化学的，没有啥基础

zjxitcc

zhyho00824 发表于 2020-9-18 16:31
老师，有没有好点的高斯做PBC的教程啊，官方的那个看不出啥门道出来。
%nprocshared=12
%mem=96GB

你这体系太大了，高斯不适合，这内存也压根不够。没有基础正好，改用Quantum Espresso或VASP算，周期性计算是它们的长处。

喵星大佬

zjxitcc 发表于 2020-9-18 16:48
你这体系太大了，高斯不适合，这内存也压根不够。没有基础正好，改用Quantum Espresso或VASP算，周期性计 ...

然而并没有看到输入文件啊。。。。。

zjxitcc

喵星大佬 发表于 2020-9-18 17:11
然而并没有看到输入文件啊。。。。。

哦我是以他发帖的时候的体系来看的

就他#3的基组6-311+G(d,p)，这粗略估计也不能算超过20个原子啊

喵星大佬

zjxitcc 发表于 2020-9-18 17:18
哦我是以他发帖的时候的体系来看的

就他#3的基组6-311+G(d,p)，这粗略估计也不能算超过20个原子 ...

是算不了多大的体系，而且就算要用高斯去算周期性也应该去Crystal那里去拷改造过的基组https://www.crystal.unito.it/basis-sets.php
问问题的人都换了一个了哈哈哈哈哈

sobereva

zhyho00824 发表于 2020-9-18 16:31
老师，有没有好点的高斯做PBC的教程啊，官方的那个看不出啥门道出来。
%nprocshared=12
%mem=96GB

Gaussian的PBC就是个玩具，顶多一维体系还有点用处，研究二维三维PBC体系几乎一定要用其它程序，诸如免费又流行的Quantum ESPRESSO
怎么用好歹也看一下手册，需要自行通过TV定义平移矢量。恰当利用公社论坛首页google搜过往的讨论
Gaussian的PBC根本没法带弥散函数，顶多用6-311G*，更好点的用专为PBC优化的pob系列，比如19年提出的pob-DZVP-rev2和pob-TZVP-rev2，在https://www.chemie.uni-bonn.de/pctc/mulliken-center/software/ssc_basis/basis获得