周期性碳纳米管孔通道建模问题

Qing-958

请教各位老师，我在构建好周期性碳纳米管后，使用AC的packing功能用有机分子填充晶胞，发现碳纳米管会变形。后面有密度要求，跑NPT退火也会导致碳纳米管变形，如果对碳纳米管固定，就跑不了NPT，我猜可能是因为晶胞和碳纳米管是一体的，所以不能固定碳纳米管，有什么办法能让碳纳米管定形吗？

sobereva

我不用M$，常理来说对于不能设冻结的情况，一般可以用位置限制势代替

slxc920113

1. 别用MS
2. 非要用MS的话，你的力场得设置对。这种情况显示是缺少了improper，forcite默认的力场分配经常不合理，得你手动去选择原子类型。

asss

楼主你好，在b站视频[Materials Studio] 分享3个分子动力学脚本！MS Forcite: 运动轨迹+局域扩散系数+同类分子选中-锂离子迁移、溶液、表面界面纳米管扩散中，有简单提到：分两步计算，第一步对盒子进行几何优化，跑动力学NVE、NPT，得到盒子尺寸，第二步将盒子尺寸赋予新的模型，固定碳纳米管，进行几何优化（取消optimize cell），再跑动力学NVT。
此方法适用性不知是否广泛，请各位老师指正。