请问在AC盒子里面进行交联之后出现了断键该如何处理

cgy · 发表于 Post on 2024-7-11 15:36:14

使用脚本在AC盒子里面进行交联后，发现在盒子边上出现了断键，断掉的键正是交联需要删除的键，改为非周期性后断键没了，但是交联单体的交联位点少了羟基，交联剂的交联位点少了氢，请问各位老师该如何解决

moni0823 · 发表于 Post on 2024-7-11 17:11:53

本帖最后由 moni0823 于 2024-7-11 17:13 编辑

这可能是因为周期性边界的原因，你把显示模式改成in-cell看看还是否断键

cgy · 发表于 Post on 2024-7-12 10:11:57

moni0823 发表于 2024-7-11 17:11
这可能是因为周期性边界的原因，你把显示模式改成in-cell看看还是否断键

感谢您的回复，我尝试了in-cell还是有断键

云无忧 · 发表于 Post on 2024-7-12 20:29:50

请问一下这个如何改成非周期

cgy · 发表于 Post on 2024-7-12 21:23:55

云无忧发表于 2024-7-12 20:29
请问一下这个如何改成非周期

在MS里面点build、symmetry、nonperiodic superstructure

云无忧 · 发表于 Post on 2024-7-13 17:05:57

cgy 发表于 2024-7-12 21:23
在MS里面点build、symmetry、nonperiodic superstructure

谢谢，我也遇到您这个交联后断键的问题，有人说的是交联脚本的问题，有代码需要修改，但是我不太会。您可以参考一下

cgy · 发表于 Post on 2024-7-13 17:32:01

云无忧发表于 2024-7-13 17:05
谢谢，我也遇到您这个交联后断键的问题，有人说的是交联脚本的问题，有代码需要修改，但是我不太会。您可 ...

没事没事，由于我这个研究不需要周期性的，然后我先把有交联单体和交联剂的盒子取消周期性后，再交联就不会断键了

云无忧 · 发表于 Post on 2024-7-14 13:52:13

cgy 发表于 2024-7-13 17:32
没事没事，由于我这个研究不需要周期性的，然后我先把有交联单体和交联剂的盒子取消周期性后，再交联就不 ...

您好，不知道为什么一直有断键，我这个是需要做周期性的，您觉得我这个能不能先取消周期性交联之后，再加上周期性。（不太清楚取消周期性之后再怎么加上周期性，可以实现这个操作吗）

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