如何计算蛋白配体复合物的Backbone RMSD值？

12313 · 发表于 Post on 2024-7-17 10:27:12

各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物体系，在之前我已经将配体和蛋白合并到一个索引组，若要通过gmx rms指令计算复合物的Backbone RMSD值，并且加入了 -n index选项，在最小二乘类型和RMSD计算界面该如何选择组别呢？

Huschein · 发表于 Post on 2024-7-18 03:35:29

我感觉都选backbone吧？或者最小二乘可以选整个complex体系，我估计做出来数值上差异不会特别大

12313 · 发表于 Post on 2024-7-18 10:22:21

Huschein 发表于 2024-7-18 03:35
我感觉都选backbone吧？或者最小二乘可以选整个complex体系，我估计做出来数值上差异不会特别大

好的，谢谢

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[GROMACS] 如何计算蛋白配体复合物的Backbone RMSD值？