关于蛋白配体复合物体系的RMSD平衡问题

12313 · 发表于 Post on 2024-7-20 17:46:50

本帖最后由 12313 于 2024-7-20 17:48 编辑

各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，我之前对其进行了50ns的模拟分析，骨架RMSD曲线如图所示，可以明显观察到在20ns后达到平衡。之后我又进行了50ns的续跑，得到了100ns的模拟轨迹，其骨架RMSD如图2，发现在50ns之后RMSD并不稳定，那么我的问题是，如果我要对该复合物进行100ns的模拟分析，那么图1中20-50ns的平衡部分我是不是就不能再进行分析了？

图1

图2

fhh2626 · 发表于 Post on 2024-7-20 21:06:03

你这个再跑跑吧，时间太短了，不过RMSD的绝对值倒是也不大，可能初始结构就还行

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 关于蛋白配体复合物体系的RMSD平衡问题

浏览过的版块