LigParGen生成不同itp文件时原子名重复问题和top文件展开

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-7-24 17:22:57

我研究的体系是不同碱金属离子和有机溶剂间的作用，文献里多用OPLS力场进行计算。请教各位前辈两个问题，

1.我用LigParGen分别生成DMF和甲醇的itp文件，[atomtypes]中都有opls_800，但是一个bond_type是H800，一个bond_type是O800，后面参数自然也不同，重复的还有opls_805等，我都将其展开写入最后的top文件中。产生tpr文件时，出现warning：overridingatomtype，请问这种情况下两个opls_800会有一个被覆盖吗？讲义上说[atomtypes]重复出现时，后面的会覆盖前面的。

2.一开始写top文件采用include oplsaam.ff/forcefield.itp再include通过LigParGen生成的溶剂分子itp文件，生成tpr文件总是报错。于是，直接把oplsaam力场中的[defaults]字段搬过来，没再include力场文件，直接展开LigParGen生成的溶剂分子itp文件，水是把oplsaam力场自带的spce.itp文件展开，请问这样做是合理的吗？

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-7-24 18:42:35

请问人为把重复的atomname改一下可以吗，比如两个指代不同的opls_800，一个改成opls_813

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-7-25 09:02:26

LigParGen会对任何一个分子重新从800开始编号，并不表示OPLS力场本身的原子类型编号。你可以用AuToFF代替LigParGen，没有这个问题。

Tracy民工 · 发表于 Post on 2024-7-25 10:39:54

slxc920113 发表于 2024-7-25 09:02
LigParGen会对任何一个分子重新从800开始编号，并不表示OPLS力场本身的原子类型编号。你可以用AuToFF代替Li ...

感谢，我去试试~请问你觉得引用forcefield是不是主要提取[defaults]字段呢？

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-7-26 16:23:14

Tracy民工发表于 2024-7-25 10:39
感谢，我去试试~请问你觉得引用forcefield是不是主要提取[defaults]字段呢？

Gromacs引用forcefield主要是读取力场的混合规则、1-4系数、LJ参数等，如果你的top文件里面已经写了这些信息，就不需要额外再include的。

niumx · 发表于 Post on 2024-9-27 20:21:17

Tracy民工发表于 2024-7-24 18:42
请问人为把重复的atomname改一下可以吗，比如两个指代不同的opls_800，一个改成opls_813

你好，请问问题解决了吗？我遇到了同样的问题，和你处理的方法一样，也是更改了opls后面的数字，但是不太确定这样做的准确程度。期待回复。

Tracy民工 · 发表于 Post on 5 day ago

niumx 发表于 2024-9-27 20:21
你好，请问问题解决了吗？我遇到了同样的问题，和你处理的方法一样，也是更改了opls后面的数字，但是不太 ...

我用Au Toff方法了

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