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[GROMACS] 轴向周期性的碳纳米管模型出现扭曲和结构破坏

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各位老师和同学们好,我首先使用了MS搭建了ziazag类型的(15,0)的碳纳米管,将其pdb文件经过Gromacs处理后出现了结构扭曲和破坏的现象,请问这是什么原因导致的呢?(我采用了案例中和参考文献中的键角和二面角参数依旧是存在问题)

微信图片_20240724220935.png (74.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

出现问题的纳米管模型

出现问题的纳米管模型

15_0cnt-c.gro

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15_0cnt-c.itp

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CNT15-0.itp

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em.gro

31.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

em.mdp

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topol.top

333 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2024-7-24 23:51:00 | 只看该作者 Only view this author
无非就是拓扑信息问题或者参数问题
参考http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex7产生碳纳米管拓扑文件的过程
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-25 14:45:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-24 23:51
无非就是拓扑信息问题或者参数问题
参考http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex7产生碳纳米管拓扑文件的过程

感谢老师

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