计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 19605|回复 Reply: 16
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 计算相互作用能方法的选择

[复制链接 Copy URL]

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

请问老师,我的优化是在M062X/6-311G**下进行的,然后用这这三种方法进行相互作用能的计算,这可以来证明1,2,3复合物都是稳定的,并且纵向比较稳定性3大于2大于1吗?(复合物是200 C H O N原子)

QQ图片20161220091540.png (25.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

QQ图片20161220091540.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2016-12-20 12:38:21 | 只看该作者 Only view this author
光从这些数据来看可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-20 12:57:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-20 12:38
光从这些数据来看可以

谢谢老师的回答。您说过不同方法计算的能量没有可比性,所以此表格不能横向比较,并且也不能说明计算得到的能量越低方法越好(即对此体系B3LYP-d3要比WB97XD和M062X更适合之类的),对吗?老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2016-12-20 13:22:10 | 只看该作者 Only view this author
wweng 发表于 2016-12-20 12:57
谢谢老师的回答。您说过不同方法计算的能量没有可比性,所以此表格不能横向比较,并且也不能说明计算得到 ...

可以横向比较不同方法算出来的相互作用能,不同级别不能比的是绝对能量
谁高谁低没法说明谁好谁不好
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-20 13:45:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wweng 于 2016-12-20 13:48 编辑
sobereva 发表于 2016-12-20 13:22
可以横向比较不同方法算出来的相互作用能,不同级别不能比的是绝对能量
谁高谁低没法说明谁好谁不好

好的,谢谢老师的解答,那就是算出来的相互作用能更大,也不能说明方法更适合对吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2016-12-21 02:32:31 | 只看该作者 Only view this author
wweng 发表于 2016-12-20 13:45
好的,谢谢老师的解答,那就是算出来的相互作用能更大,也不能说明方法更适合对吗?




根本大小就没法用来判断任何合理性,原理上就没这说法。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

58

帖子

1

威望

1129

eV
积分
1207

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2016-12-21 08:44:21 | 只看该作者 Only view this author
那sob老师算相互作用能,不同方法的准确性该怎么比较那

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2016-12-21 09:06:10 | 只看该作者 Only view this author
teller3531 发表于 2016-12-21 08:44
那sob老师算相互作用能,不同方法的准确性该怎么比较那

看各种弱相互作用的benchmark文章
普通DFT级别中,M06-2X-D3的精度是几乎最高的。在我的《乱谈DFT-D》博文里的方法推荐里有
如果嫌这个还不够,还想更好点,就上比较好的双杂化泛函
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-21 09:27:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-21 09:06
看各种弱相互作用的benchmark文章
普通DFT级别中,M06-2X-D3的精度是几乎最高的。在我的《乱谈DFT-D》博 ...

谢谢老师的耐心讲解!我的体系用的M062X/6-311g**优化,我觉得应该够了,体系大而且多,要再加D3全部优化时间估计也不够用了。所以只是在计算相互作用能的时候多选择了上述两种方法来做

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2016-12-21 09:43:10 | 只看该作者 Only view this author
wweng 发表于 2016-12-21 09:27
谢谢老师的耐心讲解!我的体系用的M062X/6-311g**优化,我觉得应该够了,体系大而且多,要再加D3全部优化 ...

优化用这个级别足矣
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-21 09:57:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-21 09:43
优化用这个级别足矣

恩,那老师我优化的时候不加D3,算能量的话可以加吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2016-12-21 09:59:32 | 只看该作者 Only view this author
wweng 发表于 2016-12-21 09:57
恩,那老师我优化的时候不加D3,算能量的话可以加吗?


原理上可以。
算能量最好加D3,结果还会有进一步改进,不过一个后患是审稿人可能问你为什么优化不加D3。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-21 10:09:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-21 09:59
原理上可以。
算能量最好加D3,结果还会有进一步改进,不过一个后患是审稿人可能问你为什么优化不加D3 ...

恩恩,老师正好说中我的担忧,想加上d3再优化下,可时间太紧张,不知道该该怎样做最好。谢谢老师的解答

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2016-12-21 10:38:43 | 只看该作者 Only view this author
wweng 发表于 2016-12-21 10:09
恩恩,老师正好说中我的担忧,想加上d3再优化下,可时间太紧张,不知道该该怎样做最好。谢谢老师的解答

不用重新优化,单点索性就甭加D3了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-21 10:56:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-21 10:38
不用重新优化,单点索性就甭加D3了

好的!谢谢您。对了老师,您前面说的可以横向比较不同方法算出来的相互作用能,是怎样个比较法?一般可以得出些什么呢?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 16:01 , Processed in 0.308921 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list