求助蛋白质-小分子的动力学模拟应该选择单力场还是多力场

艾尔斯灿 · 发表于 Post on 2024-7-28 12:07:17

在准备分子动力学模拟时，我和组员的意见有些分歧，求助各位帮我们提提建议

肿瘤蛋白-离子液体药物小分子的动力学模拟中
我认为应该选择用统一的opls-aa力场，这个力场也正适合用于离子液体这个小分子，我查了一下，用在蛋白质-小分子模拟中也很合适

组员则认为应该让两个物质各自用单独的力场，小分子用opls-aa，蛋白质用CHARMM36m，这样更适合各自的最佳选择

charmm36m的生成网站需要注册，需要的邮箱很麻烦，我们为这事争执不休，我们也没有找到文献里明确说单力场好还是多力场好
希望公社的大佬们能给些建议

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-7-28 17:52:11

OPLS-AA用于蛋白模拟没有明显的优势，更没有理由用CHARMM+OPLS-AA，对小分子CHARMM有自己优化的CGenFF。
不想注册 CHARMM账号的话个人建议用Amber14sb+GAFF（或者用更新的GAFF2），配合sobtop既方便精度也不错

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-29 03:14:03

强烈建议用AMBER14SB结合GAFF或GAFF2，对这种情况极为理想
AMBER14SB直接就有现成的GROMACS力场包，sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）可以非常方便创建GAFF/GAFF2的拓扑文件，不需要联网、注册使用在线工具

CHARMM跟OPLS-AA完全不兼容，直接这么混用自找被审稿人批

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