求助：BF4-在能量最小化后结构发生变化

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2024-7-28 18:59:09

本帖最后由打豆豆的灰鸭于 2024-7-29 10:58 编辑

BF4-给的是opls力场，参考文献
Revisiting OPLS Force Field Parameters for Ionic Liquid Simulations | Journal of Chemical Theory and Computation (acs.org)
这个单位是kcal/mol,换算成了kj/mol

其他分子是ligpargen获得，co2是按sob老师给的
但是在能量最小化后结构发生变化，不知道这是不是导致后来在nvt的时候崩溃，请老师帮我看下itp文件是否有问题

初始结构

我在添加了bf4的角参数，结构仍然是这样，用能量最小化获得em.gro做nvt,模拟崩溃
还有一个问题是我的layer.gro文件和co2.itp的cco2顺序是o-c-o,但是能量最小化后生成的em.gro的co2顺序变成了c-o-o，不知道有没有影响。

能量最小化结果

请老师们指点

后续进行单独bf4离子计算，发现有的键有，有的就没，老师看一下

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-29 03:08:52

按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的思路排查，从简单到复杂，先确保模拟单个BF4没问题再说混合物的。当前BF4的拓扑信息里都没有键角项，明显有问题

能量极小化过程不会自动修改原子顺序，注意检查grompp过程产生的信息

打豆豆的灰鸭 · 发表于 Post on 2024-7-29 10:32:37

本帖最后由打豆豆的灰鸭于 2024-7-29 10:39 编辑

sobereva 发表于 2024-7-29 03:08
按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的思路排查，从简单到复杂，先确保模拟单个BF4没问题再说混合物 ...

老师，我把分子两两组合，除去含bf4离子的，其他能量最小化都是像上图一样，但后续可以跑nvt，那他提示不收敛有影响吗
然后我把单独的bf4进行能量最小化，出现了上图的情况（我把图贴在了1#，老师看一下，我重新上传了bf4。itp)

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