使用gromacs模拟蛋白配体体系时，关于配体限制势文件在topol.top的位置问题？

12313 · 发表于 Post on 2024-7-31 16:22:34

Seyilaxa 发表于 2024-7-31 16:04
你看看是不是LPPR.top文件里有[defaults]字段没有删掉，就用这个帖子里的格式来检查http://bbs.keinsci.c ...

检查过了，老师，里面没有defaults字段。我明白您的给蛋白复合物直接创新拓扑文件的意见，只是我想两种方法都尝试一下。

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-7-31 17:34:37

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-7-31 17:37 编辑

12313 发表于 2024-7-31 16:22
检查过了，老师，里面没有defaults字段。我明白您的给蛋白复合物直接创新拓扑文件的意见，只是我想两种方 ...

那应该是还有另外什么地方重复了，你在include forcefield.itp前后还有出现[defaults]吗，建议把topol文件里涉及的所有文件都点开看看

12313 · 发表于 Post on 2024-7-31 21:44:01

Seyilaxa 发表于 2024-7-31 17:34
那应该是还有另外什么地方重复了，你在include forcefield.itp前后还有出现[defaults]吗，建议把topol文 ...

确实是有地方重复了，去掉后问题就解决了，谢谢老师

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[GROMACS] 使用gromacs模拟蛋白配体体系时，关于配体限制势文件在topol.top的位置问题？