求助：gromacs模拟锂离子电池电解液，混合溶剂体系如何生成拓扑文件

saga · 发表于 Post on 2024-7-31 12:01:24

比如电解液体系为1mol LiPF6+1mol LiTFSI/(EC:DEC:DMC)，如何用sobtop和RESP2生成拓扑文件。

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-1 06:38:49

依次用sobtop对PF6、TFSI、EC、DEC、DMC按常规方式产生拓扑文件，把各自的itp都include都到主top里，所有itp里[atomtypes]内容合并并去重后放到主top里，删除每个itp里的[defaults]并只留一个放到主top里，恰当写主top的[molecules]。把AMBER力场目录下的ions.itp引入主top里

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里讲电解质水溶液模拟的例子，里面每个多原子阴离子的拓扑信息都是sobtop产生的

saga · 发表于 Post on 2024-8-2 11:37:30

收到，谢谢sobereva老师！！！

elpa · 发表于 Post on 2024-10-20 22:54:42

请教 Li离子你采用的什么力场参数？

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[GROMACS] 求助：gromacs模拟锂离子电池电解液，混合溶剂体系如何生成拓扑文件