求助gromacs模拟多相体系能同时用不同力场吗

LiyuanZhang · 发表于 Post on 2024-8-1 01:55:34

各位前辈好，想通过gromacs模拟己烷/CO2/水/12-hydroxystearic acid的混溶体系，看文献说己烷用L-OPLS，CO2用EPM2或者TrappeSmall，水用OPC，12-hydroxystearic acid用Trappe-UA，请问如果这样设置的话可以用gromacs跑吗？然后多相体系用packmol建立好盒子后，该怎么在defaults中引入不同的非键作用啊？
谢谢各位前辈！

Huschein · 发表于 Post on 2024-8-1 02:30:02

当然可以，参考protein ligand complex的模拟，分别建模，手动整合top和gro即可。模拟之前确定力场混用的适应性

LiyuanZhang · 发表于 Post on 2024-8-2 19:42:49

Huschein 发表于 2024-8-1 02:30
当然可以，参考protein ligand complex的模拟，分别建模，手动整合top和gro即可。模拟之前确定力场混用的适 ...

谢谢您！

thor · 发表于 Post on 2024-11-19 10:59:35

注意混合规则。opls的LJ都用的几何平均，trappe的sigma为算术平均，epslion为几何平均

LiyuanZhang · 发表于 Post on 2024-12-2 06:08:57

thor 发表于 2024-11-19 10:59
注意混合规则。opls的LJ都用的几何平均，trappe的sigma为算术平均，epslion为几何平均

谢谢您！当时刚入门啥都不懂~现在懂啦

raku · 发表于 Post on 2024-12-2 08:14:31

LiyuanZhang 发表于 2024-12-2 06:08
谢谢您！当时刚入门啥都不懂~现在懂啦

请教下这个怎么混合，，刚入门还是懵逼的

LiyuanZhang · 发表于 Post on 2024-12-24 20:41:05

raku 发表于 2024-12-2 08:14
请教下这个怎么混合，，刚入门还是懵逼的

全部编写在ffbonded.itp里就行了，然后.top文件引用~

raku · 发表于 Post on 2024-12-25 10:48:58

LiyuanZhang 发表于 2024-12-24 20:41
全部编写在ffbonded.itp里就行了，然后.top文件引用~

感谢回复，也明白啦！

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