求助：如何使用Sobtop产生残基和有机金属化合物拓扑文件

dephasing · 发表于 Post on 2024-8-1 23:44:26

想使用Gromacs研究一个有机金属化合物和蛋白质的复合物，金属化合物通过一个C-S键连接在一个残基上。想使用Sobtop，但没找到相应的介绍，请指点一下。谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-2 04:19:20

用sobtop创建有机金属化合物的拓扑信息，并且把与化合物连接的那个残基在rtp里的信息复制一份并且改个名字作为非标准残基，然后把金属有机化合物的拓扑信息加入到rtp文件的那个非标准残基部分里。并且需要算连接了化合物的非标准残基的RESP电荷，做法参考下文里计算氨基酸残基原子电荷的过程
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

dephasing · 发表于 Post on 2024-8-2 07:26:16

sobereva 发表于 2024-8-2 04:19
用sobtop创建有机金属化合物的拓扑信息，并且把与化合物连接的那个残基在rtp里的信息复制一份并且改个名字 ...

谢谢！

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