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[GROMACS] 如何使用Gromacs对细菌细胞膜和抗菌肽进行分子动力学模拟

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刚开始接触这一块,请问有没有细菌细胞膜与抗菌肽的动力学模拟的教程啊,我是想把抗菌肽放在膜结构的上方(不是插入)来进行模拟。

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发表于 Post on 2024-8-4 08:02:12 | 只看该作者 Only view this author
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里面有蛋白质和膜模拟的例子,还有膜+蛋白质的例子。蛋白质不嵌入膜明显比嵌入时更简单,把pdb2gmx产生的蛋白质的itp文件和现成的磷脂分子的itp都引入top文件,把蛋白质放到膜上头合适的位置并加水得到结构就完了。如果这还理解不了,需要通过培训完整系统学习一遍gromacs的规则和逻辑。
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-21 09:13:37 | 只看该作者 Only view this author
蟹蟹老师!

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