求助：用gromacs通过伞状采样研究多肽之间的结合自由能时遇到的问题

Paparazzi灬 · 发表于 Post on 2024-8-2 17:24:49

老师们同学们好，最近在用gromacs通过伞状采样研究多肽之间的结合自由能时碰到了一些问题，希望帮忙解答一下
1. 我所得到的力势能曲线的波动较大，且在最远距离处并未出现收敛的趋势，请问可能是什么原因。
2. 已知通过gmx energy获得的相互作用能为每mol盒子的分子之间的相互作用能，所以在伞状采样中通过gmx wham加权分析得到的能量也是这样的含义吗？

以下为我的力势能曲线以及窗口分布

gubear2000 · 发表于 Post on 2024-12-23 19:43:51

想知道楼主解决了吗，我最近也遇到了这样的问题

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[GROMACS] 求助：用gromacs通过伞状采样研究多肽之间的结合自由能时遇到的问题