求助使用gromacs做umbrella sampling力时曲线无法正常出峰

zhuo · 发表于 Post on 2024-8-21 09:49:03

请教各位老师，我使用gromacs做伞采样模拟，体系是β-CD包合小分子形成的包合物，在将β-CD position strain了之后拉动小分子，无法显示正常的峰形，我尝试过许多其他文献的参数，但效果依然不是很好，请教一下这应该如何解决呢？，图片链接：https://graph.baidu.com/s?card_k ... 4112070&tpl_from=pc

Dempey · 发表于 Post on 2024-8-21 10:31:26

从你给的弹簧弹力图片来看，CD和B应该已经拉开了，你说的正常的峰形是指什么

zhuo · 发表于 Post on 2024-8-21 10:44:35

Dempey 发表于 2024-8-21 10:31
从你给的弹簧弹力图片来看，CD和B应该已经拉开了，你说的正常的峰形是指什么

https://graph.baidu.com/s?card_k ... 179&tpl_from=pc
这是我使用另一种改性CD与相同小分子做伞采样的结果，我认为这种峰形应该是比较理想的

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-21 11:14:37

看清楚板块再发贴！GROMACS的问题不得发到量子化学版块。这次给你移动了，下次删帖扣分处理
帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了，下次乱用叹号直接删帖扣分处理。

zhuo · 发表于 Post on 2024-8-21 11:17:46

sobereva 发表于 2024-8-21 11:14
看清楚板块再发贴！GROMACS的问题不得发到量子化学版块。这次给你移动了，下次删帖扣分处理
帖子标题不得 ...

不好意思社长，下次会注意的

Dempey · 发表于 Post on 2024-8-21 11:26:47

如果你想让前面部分积累拉力的过程显示出来，就调小弹力系数，减小拉动速度；
若是想要在两部分分离的瞬间拉力突变明显，就需要前期拉力积累阶段积累的拉力大于拉开需要的拉力，这样才能一瞬间拉力忽然下降

zhuo · 发表于 Post on 2024-8-21 11:49:18

Dempey 发表于 2024-8-21 11:26
如果你想让前面部分积累拉力的过程显示出来，就调小弹力系数，减小拉动速度；
若是想要在两部分分离的瞬间 ...

好的，我明白了，谢谢老师解答

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