[已解决]请教一下如何在VMD中重复测出这个二面角

牧生

看了一个帖子   http://jerkwin.github.io/2019/04 ... %E8%AE%A1%E7%AE%97/

想重复一下那个测量二面角的过程。

第一步：在这里下载该文作者使用的冰的文件  https://jerkwin.github.io/prog/IceIh_Hayward.xyz

第二步：按照教程的介绍，把10号氧原子及附近的几个水分子提取出来，从图中箭头所指的坐标，证明我提取的部分没有错


第三步：测量一下以中心水分子的氧原子为中心，与附近两个水分子之间的夹角，看起来符合还不错


第四步：按照文字的描述，测量二面角，但是数值就不符合了，请教一下是我选的不对吗？




我提取出来的几个水分子在附件中，请帮我看一下如何测量文字中描述的二面角。

LI.pdb (1.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

2024-8-21 14:16 上传 Uploaded

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lyj714

我觉得是你这四个原子选错了。应该对两个水分子按照H-O-O-H的顺序选择，其中H应当是两个水分子中相隔最远的那两个H。